Biodiisel on aine, mis sarnaneb naftapõhise diislikütusega, välja arvatud see, et see on valmistatud nafta asemel taimsetest allikatest, nagu mikrovetikad ja kookospähklid. Kuigi biodiislikütus võib teatud tingimustel looduslikult esineda, on need asjaolud haruldased ja võivad kesta aastaid. Biodiislikütuse reaktor lühendab aega ja muudab protsessi poolautomaatseks või täielikult automatiseerituks, nii et biodiislikütust saab luua kaubanduslikes kogustes. Biodiisli reaktoriüksuseid on kahte peamist tüüpi: nihke- ja ultraheli. Mõlemad töötavad biodiisliga erineval viisil, kuid mõlemad toovad kaasa suurte koguste biodiisli tootmise, ilma et reaktori operaator töötaks.
Kogu biodiislikütus saab alguse taimse lähteainena. Mõned lähteained hõlmavad mikrovetikaid, kookospähkleid ja kasutatud või neitsitaimeõlisid. Seejärel töötab biodiislikütuse reaktor lähteainega, põhjustades keemilise reaktsiooni, mida nimetatakse ümberesterdamiseks. Selle protsessi käigus eraldatakse lähteaine kaheks aineks: glütseriin ja metüülestrid.
Glütseriin on protsessi kõrvalsaadus ja magus alkohol. Pärast tootmist kasutavad glütseriini tavaliselt teised tööstused niisutajate või seepide valmistamiseks, nii et glütseriini ei raisata ega visata ära. Teine aine, metüülester, on biodiisli keemiline nimetus. Selles etapis rafineeritakse biodiislit täiendavalt, et luua muid biokütuseid, segades diislikütusega diislikütuse segu, mis pakub nii jätkusuutlikkust kui ka kasutatavust külmal temperatuuril, või kasutatakse seda kohe ilma segu või täiendava töötlemiseta.
Ultraheli biodiislikütuse reaktor kasutab ultrahelilaineid biodiisli lähteainemulli valmistamiseks. Mullid tekivad ja varisevad kokku ultrahelilainete tõttu, põhjustades kuumuse ja rõhu reaktsiooni, mis muudab lähteaine ümberesterdamise. Ultraheli biodiislikütuse reaktorit kasutatakse tavaliselt suurte või kaubanduslike vajaduste jaoks, kuna neil seadmetel on raske luua väiksemaid biodiislikoguseid. Need seadmed nõuavad ka operaatoritelt vähem tööd ja töötavad automaatsema tempoga kui nihkereaktorid.
Nihkejõuga biodiislikütuse reaktorit kasutatakse laborites, mis vajavad katsetamiseks väikeses koguses biodiislit, seda saab kasutada kvalifitseeritud isik kodus ja seda saab kasutada ka kommertskasutuseks. Need seadmed kasutavad ümberesterdamiseks soojust ja vähendavad biodiisli lähteaine tilkade suurust. Biodiisli valmistamiseks kulub olenevalt seadmest tavaliselt 30 minutit kuni neli tundi. Need üksused nõuavad operaatoritelt rohkem tööd, kuid seade ise on mitmekülgsem erinevate saagiste loomisel ja töötab paremini tahke lähteainega kui ultraheli biodiisli reaktoriüksused.