Diisel ja biodiisel on kaks toodet, mis võivad täita sama funktsiooni, kuid on pärit väga erinevatest allikatest. Nii diislikütust kui ka biodiislit saab kasutada diiselmootoriga sõidukite, näiteks sõiduautode, veoautode, traktorite ja mootoriga muruniidukite kütusena. Peamine erinevus nende kahe kütuseallika vahel seisneb selles, et diislikütus pärineb naftast, mis on taastumatu fossiilkütuse kõrvalsaadus, samas kui biodiislikütust ekstraheeritakse taime-, seemne- ja loomsetest õlidest. Diisli ja biodiisli saadavus on samuti erinev; Kui diisel on tavaliselt enamikus bensiinijaamades standardtoode, siis biodiisli tarnijaid on sageli vähe.
Diiselmootorid loodi algselt tõhusama tootena kui bensiinimootorid. Diislikütus, mis on bensiinist õlisem ja paksem, vajab vähem rafineerimist kui bensiin ja on ka üldiselt odavam. Kaubaveotööstuse poolt populaarseks saanud diislikütust eelistatakse suurtes sõidukites, mis veavad raskeid koormaid, sageli bensiini asemel.
Ehkki mõnevõrra tõhusam kui bensiin, on traditsioonilise diislikütuse peamine negatiivne külg selle mõju keskkonnale. Põlemisprotsessis eraldab diislikütus suurel hulgal tahma ja lämmastikku, mis põhjustab suurenenud õhusaastet, sudu ja happe kõrge kontsentratsiooni vihmavees. Lisaks eraldab diislikütus sarnaselt bensiiniga kasvuhoonegaase, näiteks süsinikmonooksiidi, mis võib kaasa aidata globaalsele soojenemisele ja osoonikahjustustele. Veel üks traditsioonilise diislikütuse probleem on see, et see pärineb taastumatust allikast, naftast, mis tähendab, et liigne kasutamine võib viia loodusvarade ammendumise või isegi täieliku hävimiseni. Kuigi kasvuhoonegaaside heitkogused on väiksemad kui bensiinist, peavad paljud keskkonnaeksperdid diislikütust tõsiseks ohuks õhukvaliteedile ja keskkonnale.
Biodiisel on taastuv diislikütus, mis on valmistatud biolagunevatest õlidest, nagu soja- või maapähkliõli. Teatud alkoholidega kombineerituna moodustavad nendes õlides sisalduvad rasvad estriteks tuntud keemilise aine pikad ahelad, mis muudavad õli kütusena kasutatavaks. Biodiislit saab kasutada peaaegu kõigis diiselmootorites, tehes seda väheste modifikatsioonidega ja ilma mootorit kahjustamata. Lisaks sellele, et biodiislikütus pärineb taastuvast allikast, paiskab see õhku väga vähesel määral saasteaineid.
Diisli ja biodiisli võrdluses on lihtne eeldada, et diisel on kurjast ja biodiisel imeline, keskkonnaohutu toode. Tegelikult loodi diisel algselt mootori efektiivsuse parandamiseks, vähendades seega raisatud kütusekulu. Kuigi biodiislil on saaste vähendamisel palju eeliseid, on vaja toidukultuuride suunamist õlitootmisse. Arengumaades muretsevad mõned, et biodiisli ja muude biokütuste tootmiseks vajalik põllukultuuride ümbersuunamine võib kaasa tuua toiduvarude vähenemise ja nälgimise suurenemise. Kuigi ei näi diislikütus ega biodiisel omavat ideaalset lahendust kütuse tuleviku kohta, on mõlemad olulised sammud teel puhta, taastuva ja tõhusa transpordienergiaallika poole.