Struktuurne puudujääk on valitsemissektori eelarvepuudujääk, mis ei sõltu majandustsüklist – see jääb püsima ka siis, kui majandus on täielikult ära kasutanud. See tekib siis, kui valitsus kulutab rohkem, kui pikaajaline keskmine maksutulu sisse tuua suudab. Eelarve komponenti, mis sõltub majandustsükli mõõnadest ja voogudest, nimetatakse tsükliliseks puudujäägiks. Majandusteadlased väidavad üldiselt, et struktuurne puudujääk on palju tõsisem kui tsükliline puudujääk, kuna see tähendab jätkusuutmatuid kulutusi.
Puudujääk tekib siis, kui valitsuse maksutulud ei kata täielikult tema kulusid. Majanduslanguse ajal suureneb puudujäägi tsükliline komponent tavaliselt mitmel põhjusel. Esiteks tähendab majanduslangus seda, et riigi netosissetulek on langenud alla potentsiaali, mistõttu on maksustatava tulu summa keskmisest väiksem. Teiseks kalduvad valitsused majanduse elavdamiseks majanduslanguse ajal maksumäärasid alandama. Kolmandaks kipuvad majanduslanguse ajal suurenema kulutused sotsiaalprogrammidele, nagu hoolekande, Medicaid ja toidutalongid.
Keynesi majandusteadus, mõjukas majandusteooria, pooldab tsüklilise puudujäägi võtmist, kui see võib kiirendada majanduslangusest taastumist. Suure struktuurse puudujäägi võtmist ei peeta aga üldiselt soovitavaks strateegiaks, sest see jääb püsima ka siis, kui majanduses on täistööhõive. Täielikku tööhõivet ei saavutata tegelikus riigis kunagi, kuid see võib olla kasulik majandusmudelis, et näidata elanikkonna tulude teenimise potentsiaali ülempiiri.
Investeerimine on üks õigustus struktuurse puudujäägi võtmiseks. Riigid investeerivad oma tulevikku samamoodi nagu üksikisikud. Kui investeeringu tasumisel peetakse vajalikuks võlakoormust, laenavad valitsused raha ja võtavad struktuurse puudujäägi. Selle levinud näide on investeeringud infrastruktuuri, näiteks maanteedesse ja raudteedesse. Kuigi need projektid on kallid, loovad need töökohti ja neid saab kasutada aastaid.
Näiteks USA (USA) struktuurne puudujääk on viimastel aastakümnetel oluliselt suurenenud ja on USA poliitikas vastuoluline teema. Poliitikud on harva ühel meelel, kas konkreetne algatus tasub pikaajalist võlga võtta või mitte. Ühest küljest võivad teatud investeeringud tulevastel aastatel suurendada turvalisust ja heaolu. Teisest küljest seisavad tulevased maksumaksjad silmitsi struktuursest puudujäägist tulenevate võlgade ja intressidega. Kuigi seda tüüpi puudujäägi tekkimine võib mõnes olukorras, näiteks peatse riikliku julgeolekukriisi korral, olla mõttekas, hoiatavad majandusteadlased selle eest üldiselt.