Kõige sagedasem hommikuse flegma põhjus on ninajärgne tilkumine, mis tekib siis, kui liigne lima tilgub kurku või nina taha. Postnasaalne tilkumine võib olla põhjustatud paljudest teguritest, mis ulatuvad väikesest kuni tõsiseni. Ninajärgse tilkumise väiksemateks põhjusteks on allergiline reaktsioon, keskkonnas leiduvate materjalide ärritus või mitteallergiline, mitteinfektsioosne riniit. Raskemalt võib ninajärgne tilkumine kroonilise sinusiidi, astma ja kroonilise obstruktiivse kopsuhaiguse (KOK) korral põhjustada hommikust röga. Kuigi dekongestandid, ninaspreid ja ninaloputusvahendid võivad aidata leevendada flegma väiksemaid põhjuseid, nõuavad tõsisemad haigused tavaliselt arsti abi.
Õhus levivad ained võivad inimese unekeskkonnas põhjustada allergilist reaktsiooni või ärritust. Arvesse tuleks võtta inimese isiklikke allergiaid ja uurida keskkonda võimalike ärritavate tegurite suhtes. Avatud suuga magamine võib samuti suurendada sissehingamise tõenäosust ja ninakäikudesse prügi kogunemist.
Mitteallergiline, mitteinfektsioosne riniit on nina sisemiste hingamisteede põletik, mis ei ole põhjustatud allergeenist ega viirus- või bakteriaalsest infektsioonist. Enamikul juhtudel jääb seda tüüpi riniit pärast külmetust või põskkoopapõletikku. See on üldiselt healoomuline ja möödub tavaliselt iseenesest.
Sinusiit on iseenesest määratletud kui põskkoopapõletik, mis on tavaliselt põhjustatud allergiast või viirusinfektsioonist. Harvematel juhtudel võib bakterite kasv juba põletikulises ja limaga täidetud ninakäigus põhjustada bakteriaalse infektsiooni ja kõik eelnimetatud olukorrad võivad põhjustada hommikust röga. Krooniline sinusiit on sinusiit, mis kestab üle kaheksa nädala. See on tavaliselt tõsisem ja nõuab põhjalikku meditsiinilist testimist, et luua lõplik diagnoos põhjuse kohta.
Astmat iseloomustab inimese hingamisteede krooniline põletik ja seda võivad põhjustada mitmesugused keskkonna- ja geneetilised tegurid. Sageli on astmahaiged tundlikumad keskkonnaärritajate, sealhulgas külma õhu suhtes. See ei pruugi mitte ainult põhjustada hingamisteede piiramist, vaid võib põhjustada ka liigset lima tootmist. Mõned astmat põdevad isikud võivad olla sellele eriti vastuvõtlikud öösel, muutes nad hommikuse flegma suhtes altimaks.
KOK on kopsuhaigus, millega kaasneb bronhiit ja emfüseem – kaks haigusseisundit, mida sageli täheldatakse kõrvuti. Mõlemad haigused põhjustavad kopsude hingamisteede ahenemist ja lima eritumise märkimisväärset suurenemist, mis mõlemad võivad teist süvendada. Neid seisundeid täheldatakse sageli suitsetajatel ja nende kontrolli all hoidmiseks on sageli vaja ulatuslikku arstiabi.
Ninapesu võib aidata eemaldada ninast flegma ja prahti, pakkudes vähemalt ajutist leevendust, kui ninajärgne tilkumine on põhjustatud unekeskkonnas leiduvast õhus levivast ainest. Kui tilkumise põhjuseks on põletik, võib leevendust pakkuda dekongestant või nasaalne steroidsprei, kuid seda tuleb tavaliselt kasutada rutiinselt. Hommikune röga, mis viitab tõsisemale haigusseisundile, nõuab tavaliselt arsti tähelepanu, et seda korralikult ravida.