Mikropeenis on peenis, mis on muidu normaalselt moodustunud, kuid keskmisest palju väiksem. Imikutel meestel näitab see venitatud pikkust alla 0.75 tolli (1.9 sentimeetrit). Täiskasvanud meestel on kvalifitseeruv mõõt 3 tolli (7.62 sentimeetrit), kui nad on täielikult püsti. On palju haigusseisundeid, mis võivad põhjustada ebatavaliselt väikese peenise, kuid üldiselt on sellega seotud testosterooni tootmine või assimilatsioon.
Meeste hüpogonadism on lai meditsiiniline termin, mis kirjeldab testosterooni tootmise vähenemist. On palju diagnoose, mille sümptomiks on hüpogonadism, ja enamik neist haigusseisunditest, mis algavad imiku- või noorukieas, võivad põhjustada mikropeenist. Hüpogonadism jaguneb põhi- ja teisejärguliseks klassiks.
Primaarse hüpogonadismi korral väheneb testosterooni tase meeste munandite talitlushäirete tõttu. Kui mikropeenis esineb imikutel meestel, on see mõnikord Klinefelteri sündroomi põhjustatud hüpogonadismi tagajärg. Klinefelteri sündroomiga inimestel on täiendav X-kromosoom, mis põhjustab sageli munandite väärarenguid ja testosterooni tootmise vähenemist.
Igasugune munandite vigastus enne noorukiea algust või selle ajal võib põhjustada primaarset hüpogonadismi ja lõpuks põhjustada mikropeenist. Füüsilisest traumast saadud vigastus on ilmselgelt ohtlik, kuid võimalik on ka munandite kahjustus mumpsi infektsioonist. Liigne rauasisaldus veres võib harvadel juhtudel põhjustada ka alaarengut.
Sekundaarse hüpogonadismi korral ei saa munandid signaali testosterooni tootmiseks. Nendel juhtudel esineb tavaliselt hüpofüüsi või hüpotalamuse talitlushäire. Selle põhjuseks võib olla geneetiline häire, näiteks Kallmanni sündroom, või mitmete hüpofüüsi häirete tagajärg. Rasvumist on seostatud ka sekundaarse hüpogonadismiga.
Imikueas ravitakse mikropeenist sageli testosterooni lühiajaliste süstidega. Kui peenise kasv paraneb kolme kuu pärast, eeldatakse, et puberteedieas suurenenud hormoonide tase toob kaasa ka pikkuse pikenemise. Täiskasvanud meeste puhul on näidatud, et kirurgiliste implantaatide kasutamine võib suurendada suurust. Mõned taimsed ravimid on turustatud peenise pikkuse pikendamise garantiidega. Nende väidete piisavaks tõestamiseks puuduvad sõltumatud teaduslikud uuringud.
Varem soovitati mikropeenisega sündinud poisi vanematel lasta oma lapsele teha soovahetusoperatsioon. Harvadel juhtudel, kui lapsel oli nii peenis kui ka tupp, oli see nõuanne peaaegu universaalne. Kuna neil lastel hakkasid noorukieas ilmnema tõsised emotsionaalsed mõjud, vaadati see tava uuesti läbi. Sellest ajast alates on see suures osas maha jäetud.