Puudub teave lüsiini ohutuse kohta raseduse ajal. Lüsiini peetakse üldpopulatsioonis siiski ohutuks, kuid enne lüsiini võtmist raseduse ajal peaks naine rääkima oma tervishoiuteenuse osutajaga, kes saab teda harida riskide ja eeliste kohta. Kuna lüsiini ei peeta ravimiks, vaid toidulisandiks, ei ole valitsus seda reguleerinud ja standardsed annustamisrežiimid pole hästi välja töötatud.
Lüsiin on aminohape, mis võib aidata kaasa kaltsiumi imendumisele, mis võib osutuda kasulikuks kasvava loote luude ja hammaste arengus. Naised, kes on rasedad ja kellel on diagnoositud kaltsiumipuudus, võivad lüsiinilisanditest kasu saada. Nagu iga toidulisandi puhul, peab naine enne lüsiini võtmist nõu pidama arstiga. Lüsiini võtmine raseduse ajal võib aidata vähendada herpese puhangu riski ja võib isegi aidata vältida genitaalherpese ülekandumist emalt lapsele sünnituse ajal.
Lüsiini võtmine raseduse ajal võib põhjustada kõrvaltoimeid emale, kuid pole teada, kas need kõrvaltoimed mõjutavad sündimata last. Lüsiinilisandite võtmise kõrvaltoimed hõlmavad kõhulahtisust, iiveldust ja kõhuvalu. Lüsiini võtmine suurtes annustes võib teatud inimestel soodustada sapikivide teket. Toidulisandid võivad samuti kujutada endast allergiliste reaktsioonide ohtu, nagu ebanormaalne turse, õhupuudus, valu rinnus ja nõgestõbi. Need kõrvaltoimed nõuavad viivitamatut meditsiinilist hindamist ja ravi, et vältida võimalikke tüsistusi.
Naised, kes toidavad last rinnaga ja võtavad lüsiini, võivad avaldada oma lastele selle mõju. Ei ole teada, kui suur osa ainest rinnapiima kaudu lapsele jõuab, kuid enne lüsiinilisandite võtmise kaalumist rinnaga toitmise ajal tuleb konsulteerida tervishoiuteenuse osutajaga. Kuigi uuringud on näidanud, et areneva loote hambad ja luud võivad ema lüsiini tarbimisest kasu saada, ei pruugi see aine olla ülejäänud kehale ohutu. Liigne kaltsiumi omastamine võib põhjustada elundipuudulikkust ja soodustada südamehäireid ja arütmiaid.
Lüsiini vormide hulka kuuluvad suukaudsed ja paiksed segud ning kui seda kasutatakse genitaalherpese ravis, võib lüsiini kanda otse kahjustatud nahapiirkonnale. Kuigi on näidatud, et lüsiin pärsib herpesviiruse kasvu ja vohamist, on nende leidude kinnitamiseks vaja rohkem uuringuid, samuti lüsiini ohutust rasedatel.