Mõned kõige levinumad puhituse ja kõhulahtisuse põhjused on viiruste, bakterite ja parasiitide põhjustatud seedetrakti haigused. Inimene võib muutuda paistetuks ja kannatada kõhulahtisuse all, kuna tal on pikaajaline haigus, näiteks ärritunud soole sündroom või Chrohni tõbi. Mõnel juhul võib inimene isegi kannatada nende sümptomite all, kuna tal on laktoositalumatus; on söönud toitu, mis osutus tema seedesüsteemi ärritavaks; või on võtnud ravimeid, mis põhjustasid kõhugaase ja soolte lõtvumist.
Üks sagedasemaid puhituse ja kõhulahtisuse põhjuseid on äge seedetrakti haigus. Äge haigus on lühiajaline, seega võib ägeda seedetrakti haigusega inimene olla paistes ja väljaheide on lahtine vaid mõneks päevaks. Siiski on võimalik, et äge seedetrakti haigus võib kesta paar nädalat. Seda tüüpi haigusi võivad põhjustada mitmed viirused, bakterid või parasiidid ja seda nimetatakse sageli kõhuviiruseks.
Mõnikord on puhituse ja kõhulahtisuse põhjuseks pikaajaline seisund, mida sageli nimetatakse krooniliseks. Ühte tüüpi kroonilist haigust, mis inimesel võib tekkida, nimetatakse ärritunud soole sündroomiks. Seda iseloomustavad kõhukrambid, puhitus, kõhulahtisus ja gaaside väljavool. Crohni tõbi võib põhjustada mitte ainult puhitus ja kõhulahtisust, vaid ka verd väljaheites, suuhaavandeid ja soolehaavandeid.
Inimesel võib tekkida ka puhitus ja kõhulahtisus, kuna tal on laktoositalumatus või ta võtab ravimeid, mis põhjustavad kõhulahtisust ja gaase. Kui inimene on laktoositalumatu, ei saa ta seedida laktoosi, mis on teatud tüüpi looduslik suhkur, mida leidub piimatoodetes. Kui ta tarbib piimatooteid, võib tal tekkida kõhulahtisus, puhitus ja iiveldus. Lisaks on mõned ravimid, millel on kõrvaltoimetena kõhulahtisus ja puhitus.
Ägeda kõhulahtisuse korral võib inimene lasta sellel kulgeda, kuna selle peatamiseks mõeldud ravimite võtmine võib põhjustada selle põhjustanud viiruse, bakteri või parasiidi kehasse kogunemise. Kroonilisi seedetrakti haigusi ravitakse aga sageli retseptiravimite ja dieedimuudatustega. Laktoositalumatusega inimesed võivad võtta toidulisandeid, mis aitavad neil seedida piimatooteid või tarbida spetsiaalseid piimatooteid, mis ei sisalda laktoosi.