Neeruvaagna laienemise peamine põhjus on hüdroonefroos, seisund, mis tekib siis, kui uriin ei voola neerust korralikult välja. Neeruvaagen on neerupiirkond, kuhu uriin koguneb enne kusejuha kaudu väljumist ja kui uriin koguneb, laieneb see. Imikud ja täiskasvanud on peamised elanikkonnarühmad, keda see probleem mõjutab, mis on tavaliselt tingitud ummistusest või mõnest muust probleemist, mis ahendab ühte või mõlemat kusejuha. Imikutel on põhjuseks tavaliselt kusejuhi kaasasündinud defekt, näiteks torude ahenemine või probleem uriini äravoolu reguleerivate ventiilidega. Täiskasvanutel võib neeruvaagna laienemine tuleneda mitmetest probleemidest, sealhulgas kasvajate või masside survest, neerude või kusejuhade struktuuriprobleemidest või haigusest tingitud talitlushäiretest.
Laienenud neeruvaagen on imikutel üsna tavaline, kuna neil võib olla eelsoodumus kuseteede geneetiliste kõrvalekallete tekkeks. Neil võib olla üks või mõlemad kusejuhad, mis on neerule lähimas otsas tavalisest kitsamad, mis põhjustab ureteropelvic ristmiku ehk UPJ ummistuse. Teine levinud probleem on see, et ventiilid, mis kontrollivad uriini voolu läbi kusejuha, ei tööta, põhjustades uriini tagasivoolu neerudesse.
Täiskasvanutel võib tekkida neeruvaagna laienemine, kuigi see on vähem levinud kui imikutel ja see võib juhtuda mitmel erineval põhjusel. Kuigi haigusseisundit võivad põhjustada ka struktuursed kõrvalekalded, on see tõenäolisem, et see tekiks täiskasvanute muude probleemide tagajärjel. Üks levinud probleem on surve kusejuhadele, mis põhjustab nende kitsenemist ja UPJ-i takistamist. Selle põhjuseks võivad olla lähedalasuvad massid, nagu kasvajad või eesnäärme suurenemine, või ümbritsevate kudede turse põletiku tõttu. Rasedatel naistel tekib sageli neeruvaagna laienemine, kuna kasvava loote surve võib kergesti avaldada survet lähedal asuvatele kusejuhadele ja neerudele.
Täiskasvanutel võivad haigused ja muud haigusseisundid põhjustada ka neeruvaagna laienemist. Kusejuhid võivad ummistuda verehüüvete, neerukivide või kusihappekristallide tõttu, mis takistab osa või kogu uriini väljutamist neerudest. Süüdi võivad olla haigused, mis põhjustavad kuseteede põletikku. Inimestel, kellel on kuseteede operatsioon tehtud, on mõnikord probleeme ka pärast seda, kui uriin väljub neerudest.