Kui seisate mikrolaineahju ees, kui see on sisse lülitatud, siis paljud inimesed ütlevad, et see ei ole teile nii kahjulik, kui uks on lukustatud. Kuid loomulikult ei meeldi enamikule meist oma tervisega riskida. Mikrolained on üsna madala sagedusega kiirguse vorm ja see tähendab, et nende mõju kehale, kui seda on, oleks vähem ohtlik kui kõrgema sagedusega vormid. Siiski väidavad paljud inimesed, et see kiirgus võib meid mõjutada, kuigi mikrolaineahju uksed on loodud seda hoidma.
Mikrolained võivad ukse lähedal asuvatest ahju ruumidest välja lekkida. On väga oluline hoida mikrolaineahi puhas, kuna määrdunud ahjud lekivad tõenäolisemalt kui puhtad. Uks peab sulgemisel täielikult lukustuma ja looma tihendi. Ärge kunagi kasutage defektse uksega mikrolaineahju.
Ameerika Ühendriikide Toidu- ja Ravimiametil (USFDA) on eeskirjad maksimaalsete kiirgustasemete kohta, mida mikrolaineahjude tootjad peavad järgima. Ukse voodrimaterjal aitab hoida ka kahjulikke mikrolaineid. Kui neid ahjusid leiutati ja katsetati, kahjustasid varajased teadlased nende neere, kuna need seisid usteta või avatud ustega ahjude ees. Väikesed kogused mikrolaineid võivad siiski lekkida läbi ukseava pragude, nii et need võivad teieni jõuda, kui seisate ahju ees, kui see on sisse lülitatud.
Mõned inimesed märgivad, et isegi kui kiirgus on väike, on mikrolaineahju ees toidu valmistamise ajal kahjulik seista. Uuringud ei ole suutnud seda lõplikult tõestada. Mobiiltelefonide kiirgav kiirgus on suurem kui mikrolaineahju tekitatav kiirgus ja mõned teadlased märkisid, et mobiiltelefonide jätkuv kasutamine võib põhjustada vähki, kuigi midagi lõplikku pole leitud.
Röntgen- ja gammakiirte kiirgavat kiirgust nimetatakse ioniseeritud kiirguseks, mikrolainete ja raadiolainete tekitatud kiirgust aga ioniseerimata kiirguseks. Erinevus ioniseeritud ja ioniseerimata kiirguse vahel seisneb selles, et neil on erinevad sagedused või vibratsiooni hulk, mida nad tekitavad igal sekundil. On näidatud, et kõrgema sagedusega ehk ioniseeritud kiirgus põhjustab mõnel juhul vähki. Mikrolaineahjud kasutavad madala sagedusega ehk ioniseerimata kiirgust, kuid endiselt on palju vaidlusi selle üle, kas ahju ees on täiesti ohutu seista, kui see on sisse lülitatud.