Sooidentiteet on keeruline termin, mis vastab ligikaudu inimeste põhilisele veendumusele selle kohta, mis on nende sugu, ja selle kohta, milleks ühiskond on sooga seotud ühiskondlike kontseptsioonide alusel õigustatud. Välised või geneetilised sobitusmärgid kinnitavad sageli seda põhiuskumust. Naisel, kes usub, et ta on naine, annab tunnistust tema kromosomaalne koostis (kaks x-kromosoomi) ja tõsiasi, et tal on rinnad ja tupp. Meestel on sarnane tõend oma soolise identiteedi kohta. Mõnikord läheb asi palju segasemaks, kuna põhiline sooline identiteet ei ühti kromosoomide ega välisilmega ning see paneb mõned inimesed tundma end soota või justkui valet tüüpi kehasse lõksus olevat.
Selle kohta, kuidas inimesed oma sooidentiteeti kujundavad, on endiselt palju küsimusi. Kromosoomid võivad osa sellest mõjutada ja teised osad võivad areneda laste sündides ja kasvades. On ebaselge, miks identiteeti seostatakse nii sageli konkreetse soo füüsiliste täiskasvanute tunnustega. Ei noortel poistel ega tüdrukutel ei ole rindu, häbemekarvu ega rohkem laienenud suguelundeid, kuid ometi võivad nad neid asju pidada osaks soost.
Veelgi selgem on see, et kui lastel on välja kujunenud oma sooline identiteet, tugevdab ühiskond tõenäoliselt seda, mis see koosneb, alates makrokosmosest kuni mikrokosmoseni. Igaüks ühiskonnas saab sõnumeid soorollide kohta ja see mõjutab tõenäoliselt inimese otsuseid selle kohta, mis on võimalik tema soo kohta käivate traditsiooniliste väärtuste alusel. Alati leidub inimesi, kes murravad hallitusest läbi ja teevad midagi, mida tavaliselt soole ei omistata, ja neil inimestel võib olla roll sooga seotud mõtete muutmisel või neid võidakse kritiseerida ebanaiseliku või ebameheliku käitumise eest.
Kuna paljudes ühiskondades on naiste ja meeste rollide muutumise suhtes üsna liberaalne suhtumine, on erinevate identiteediprobleemidega inimestel endiselt probleeme. Üks suurimaid väljakutseid lubavamates ühiskondades seisavad silmitsi nendega, kellel on võrreldamatu sooline identiteet nii seest kui väljast. Kas soov elada ilma soota või kindel veendumus, et inimene on tõesti tema füüsilisest soost erinev, võib osutuda väga raskeks. Lääne ühiskondades tegeldakse selle probleemiga sagedamini ja võimaluse korral võib inimene, kes tõesti tunneb, et ta on vale sugu, läbida seksuaalse ümberpaigutamise operatsiooni, mille käigus eemaldatakse tõendid ühe soo kohta ja luuakse tõendeid teise soo kohta.
Selle sammu astumist ei võta inimese perekond ega ühiskond alati hästi vastu. Lisaks on mõned loomulikud füüsilised raskused, mis võivad mõne inimese jaoks probleemiks osutuda, näiteks hormoonide võtmine, mida see konkreetne sugu tavaliselt ei tooda. Need üleminekud on väga keerulised ja kirurgiat pakkuvad kliinikud nõuavad sageli enne ja pärast teatud nõustamist, kuna seksuaalne ümbermääramine on desorienteeriv ja püsiv. Mõned, kes selle sammu astuvad, teatavad rahulolust, sest sisemine sootunnetus ühtib lõpuks välimusega.