Munajuha tsüsti sümptomiteks võivad olla valu kõhupiirkonnas, ebaregulaarne menstruaaltsükkel, ebatavaline verejooks või raskused lapse eostamisel. Enamik munajuha tsüste on seotud seisundiga, mida nimetatakse endometrioosiks, mis võib põhjustada kerget või tugevat valu vaagnapiirkonnas või alaseljas. Valu võib ilmneda seksi ajal või soole või põie tühjendamisel. Paraovariaalne tsüst munajuhas ei põhjusta tavaliselt sümptomeid, välja arvatud juhul, kui see lõhkeb.
Endometrioos tekib siis, kui emaka limaskesta, mida nimetatakse endomeetriumiks, kasvab väljaspool emakat ja kinnitub teiste naiste suguelundite külge. Sellest seisundist põhjustatud tsüst kujutab endast verega täidetud kotti, mis kasvab väljaspool torusid, mis kannavad muna munasarjast viljastamiseks emakasse. Seda tüüpi tsüst võib kasvada ka väljaspool emakat või munasarja.
Emaka limaskest läbib iga kuu tavapäraseid paksenemise ja hõrenemise etappe. See pakseneb, kui naine ovuleerib, et valmistada emakas ette eostamiseks. Kui munarakku ei viljasta meessoost spermatosoidid, siis endomeetrium hõreneb, et menstruaalverejooksu tõttu limaskest eraldada. Kui see limaskesta kasvab väljaspool emakat ja moodustab tsüsti, ei saa munajuha selle protsessiga toime tulla ja veri ei saa kehast lahkuda.
Seda tüüpi tsüsti veri sarnaneb tavaliselt õhukese šokolaadi või mootoriõliga, kuna vana veri tumeneb. Günekoloogid avastavad seda tüüpi tsüsti tavaliselt vaagnapiirkonna rutiinse läbivaatuse käigus, kui nad avaldavad survet kõhule. Seda saab tuvastada ka ultraheliseadmetega.
Teist tüüpi munajuha tsüst on määratletud kui paraovariaalne tsüst, kuid tegelikult pole sellel munasarjaga mingit pistmist. Arenemata munarakk võib põhjustada seda tüüpi tsüsti, mis tavaliselt jääb väikeseks ja võib iseenesest kaduda. Paraovariaalne tsüst ilmneb sagedamini 30–40-aastastel naistel.
Need vedelikuga täidetud tsüstid on tavaliselt healoomulised, õhukeste seintega. Tavaliselt ei põhjusta need mingeid sümptomeid, välja arvatud juhul, kui nad rebenevad või ei teki abstsessi. Kui need tsüstid kasvavad, võivad need põhjustada valu vahekorra või roojamise ajal, ebaregulaarset menstruaaltsüklit ja põhjustada viljatust. Probleemsed tsüstid eemaldatakse tavaliselt laparoskoopilise operatsiooniga.
Muud munajuhade häired võivad neid blokeerida või kahjustada, jättes fibroidid või armkoe. Vaagnapiirkonna põletikuline haigus kujutab endast vaagnaelundite infektsiooni, mis võib blokeerida munajuhad. Selle häire põhjuseks võivad olla sugulisel teel levivad haigused, abort, raseduse katkemine või emakasisese vahendi kasutamine raseduse vältimiseks.