Tavaliselt klassifitseeritakse metadooni mõju imikutele vastavalt sellele, kas ravimeid on kasutatud lühikest aega või on neid krooniliselt kuritarvitatud. Lühiajalises perspektiivis võib metadoon imikutel põhjustada mitmeid tõsiseid terviseprobleeme, nagu vererõhu ja südame löögisageduse langus. Metadooni pikaajaline kuritarvitamine seevastu mõjutab sagedamini imiku kaalu ja suurust. Paljudel juhtudel kannatavad metadooni kuritarvitanud ema sündinud lapsed ise sageli pärast sündi metadooni ärajätu all. Uuringud näitavad siiski, et neid sümptomeid saab rinnaga toitmise kaudu tagasi pöörata.
Paljudel juhtudel võib metadooni kasutamine isegi üks kord põhjustada sündimata lapsele väga tõsiseid tagajärgi. Metadooni vahetu mõju imikutele võib hõlmata väga madalat vererõhku; oluliselt vähenenud südame löögisagedus; silmade, suu ja nina kuivus; suurenenud intrakraniaalne rõhk; ja muud sarnased sümptomid. Enamikul juhtudel võivad need metadooni kasutamise kõrvaltoimed imikutele olla eluohtlikud ja nõuavad viivitamatut arstiabi. Lisaks võivad naised, kes kasutavad metadooni isegi lühikest aega, kogeda selle uimastitarbimise tõttu raseduse katkemist.
Pikas perspektiivis võib metadooni kasutamine imikutel põhjustada sama tõsiseid haigusi. Metadooni pikaajaline kasutamine võib põhjustada imiku kasvutempo vähenemist nii pikkuses kui ka kaalus. Lisaks on pika metadoonikasutamise kogemusega emadele sündinud imikute pea ümbermõõt sageli tavalisest väiksem. Õnneks kaovad need mõjud imiku vananedes ja lapsepõlves küpsedes. Metadooni kuritarvitavatele naistele sündinud imikute vaimne võimekus on aga üldiselt oluliselt madalam kui narkootikume mittetarvitavate emade puhul ning nii käitumis- kui ka psühholoogiliste testide tulemused võivad olla madalamad.
Imikutel, kes on kokku puutunud suure koguse metadooniga, areneb sageli välja ka metadooni ärajätmine, mida tuntakse ka vastsündinute opiaatide abstinentsi sündroomina. See on seisund, mis mõjutab paljusid kehasüsteeme, sealhulgas hingamissüsteemi ning kesk- ja autonoomset närvisüsteemi. Selle haigusseisundiga sündinud imikutel on suurem risk imikute äkksurma sündroomi ehk SIDSi tekkeks võrreldes teiste tervemate beebidega. Uuringud on siiski leidnud, et selle seisundi sümptomeid saab leevendada ema või muu surrogaate imetamise kaudu. Paljudel juhtudel võib aga imetamine osutuda keeruliseks või isegi võimatuks.