Sushi kasvav populaarsus on tekitanud muret selle tervisega seotud eeliste pärast. Nagu iga muu toidu puhul, on ka sushist oht saada toidumürgitus, kui koostisosad on vanad, ei ole jahutatud või ei käidelda toidu- ja ohutuseeskirjade kohaselt. Veenduge alati, et tarbite usaldusväärsest allikast pärit sushit ja mida tihedam on pood, seda tõenäolisemalt on toit värske.
Sushi toidumürgituse vältimiseks on ülioluline, et valmistamise koht ja kasutatavad seadmed oleksid puhtad, seda enam, et protsess hõlmab toortoidu käitlemist. Sushibaarides peavad igal vitriinil olema uksed, et kaitsta toitu saastumise eest ja tagada õige temperatuuri hoidmine. Populaarne sushi söömise viis hõlmab taldrikute korjamist konveiersüsteemilt, sel juhul tuleks kõik taldrikud kinni katta.
Suurim sushi toidumürgituse põhjus tuleneb asjaolust, et toores kala on peamine koostisosa. Anisakiaas on haigusseisundi nimi, mis on põhjustatud ümarusside või nematoodide vastsete allaneelamisest, mida mõnikord leidub toores kalas. Inimesed nakatuvad, kui nad söövad toorest või alaküpsetatud kala, mis oli ümarusside peremees. Anisakiidi vastsed tungivad läbi mao ja soolte limaskesta, mis põhjustab ägedaid toidumürgituse sümptomeid nagu tugev kõhuvalu, iiveldus ja oksendamine.
Ainus viis anisakiidivastsete juhusliku allaneelamise vältimiseks on süüa kala, mis on keedetud või külmutatud soovitatud temperatuuril, mis tapab vastsed. Ettevaatlik tasub olla sushit tellides igas restoranis, kus ei kasutata enne külmutatud kala. Sushi toidumürgituse esinemissagedus on suurem piirkondades, kus süüakse sagedamini toorest kala, nagu Jaapan ja Holland.
On leitud, et paljud sushi valmistamisel kasutatavad kalad, eriti tuunikala ja lõhe, sisaldavad soovitatud piirnormidest oluliselt kõrgemaid saasteaineid, nagu elavhõbe. See kehtib aga ainult rannikult püütud kalade kohta ega kehti tavaliselt tehistingimustes kasvatatud kalade kohta. Sel põhjusel on oluline kala päritolu teadlikkus.
Teine sushi koostisosa on hapendatud riis. Riisi hapestamine soovitatava tasemeni riisiäädika abil aitab ära hoida patogeensete bakterite kasvu. Siiski on juhtumeid, kus riisi ei ole hapendatud sobiva tasemeni ja kui seda hoitakse toatemperatuuril kauem kui paar tundi, võib see põhjustada ka selliseid probleeme nagu toidumürgitus.
Sushi toidumürgituse vältimiseks on ülioluline teadmine selle valmistamise protsessist ja kasutatavate koostisosade allikast. Restoranid ja sushibaarid peaksid olema steriilsuseni puhtad, kuna toortoitu tuleb vastavalt toiduohutuse eeskirjadele õigesti käidelda. Igaüks, kes valmistab sushit kodus, peaks olema teadlik ka rangete juhiste järgimise vajadusest.