Immuunsüsteemi häireid on palju erinevaid ja need liigitatakse tavaliselt kahte alamtüüpi. Süsteemsed immuunhäired kirjeldavad seisundit, kus immuunhäire mõjutab rohkem kui ühte organit, samas kui lokaalsed immuunhäired mõjutavad tavaliselt ainult ühte organit. Mõned levinumad süsteemsete immuunhäirete tüübid on reumatoidartriit ja luupus. Levinud lokaalsete immuunhäirete tüübid on suhkurtõbi, hulgiskleroos ja Addisoni tõbi. Immuunsushäired kirjeldavad tavaliselt haigusi, mille puhul immuunsüsteem sihib ja hävitab ekslikult terveid kudesid kehas, kuigi mõned immuunhäired hõlmavad nõrgenenud immuunsüsteemi.
Reumatoidartriit on seisund, mis tavaliselt põhjustab põletikku ja liigeste kahjustust. See võib areneda keha mis tahes liigestes, kuid kõige sagedamini mõjutab see käsi ja randmeid. Reumatoidartriidi täpne põhjus pole teada, kuid arvatakse, et selle põhjuseks on liigeste või liigeseid ümbritsevate kudede bakteriaalsed infektsioonid. See võib mõjutada igas vanuserühmas inimesi, kuigi see esineb sagedamini üle 30-aastastel inimestel ja näib olevat sagedamini naistel kui meestel. Reumatoidartriit on mittenakkav süsteemne immuunhäire ja kui immuunsüsteem hakkab liigesekudesid ründama, levib see tavaliselt edasi ning võib rünnata ka terveid kudesid kopsudes ja muudes elundites.
Luupus on teist tüüpi süsteemne immuunhäire ja nagu reumatoidartriit, esineb ka seda naistel sagedamini kui meestel. Usutakse, et see ei ole nakkav ja haiguse täpset põhjust pole kindlaks tehtud. Mõned uuringud näivad näidanud, et luupus võib vähemalt osaliselt olla tingitud geneetikast, kuna inimestel, kelle sugulased põevad haigust, on suurem risk ise luupusesse haigestuda. Mõned teadlased usuvad, et luupuse tekke põhjuseks võib olla keskkonnamõju. Suitsetamine ja kokkupuude ultraviolettvalgusega on tõenäoliselt seotud haigusega.
Sclerosis multiplex (MS) on immuunhäire, mis mõjutab peamiselt närvisüsteemi. Seda peetakse lokaalseks häireks, kuid kuna see ründab närvisüsteemi, võivad sümptomid ilmneda paljudes kehaosades. MS on haigus, mille korral immuunsüsteem ründab närvide kaitsvat katet. Haiguse raskusaste on inimestel väga erinev, kuid väga äärmuslikel juhtudel ei pruugi patsiendid kõndida ega rääkida. Praegu ei ole MS-i ravitud.
Omandatud immuunpuudulikkuse häire (AIDS) on täiesti erinevat tüüpi immuunhäire. AIDS-i ei iseloomusta see, et immuunsüsteem ründab terveid kudesid, vaid see on seisund, kus immuunsüsteem on nii nõrgenenud, et see ei toimi haigustega võitlemiseks piisavalt hästi. Erinevalt enamikust teistest immuunhäiretest peetakse AIDS-i nakkavaks kehavedelike, näiteks lima või vere vahetamise kaudu.