Kuigi bipolaarset ja skisofreeniat peetakse endiselt kaheks erinevaks psühhiaatriliseks haiguseks, on need mitmel viisil seotud. Mõlemad haigused arenevad tavaliselt välja hilises noorukieas või varases täiskasvanueas. On leitud, et nende kahe ajuhaiguse geneetilised põhjuslikud tegurid on väga sarnased; mõlemad häired esinevad sageli samas perekonnas. Mõnel inimesel on diagnoositud mõlema haiguse sümptomid. Skisofreenial ja bipolaarsel ehk maniakaal-depressiivsel häirel on samuti ühised sümptomid ja ravi.
Mõned ravimid, mis on ette nähtud nii bipolaarse kui ka skisofreenia raviks, vähendavad proteiinkinaas C (PKC) taset ajus. Arvatakse, et selle ajuvalgu kõrge tase suurendab mõlema haigusega seotud sümptomite raskust, nagu asjade, mida pole olemas, kuulmine või nägemine, tormavad mõtted ja suurejooneliste või valede uskumuste kogemine, mis on seotud inimese isikliku jõuga. Skisofreenia korral nn düsfooriliseks meeleoluks kogevad skisofreeniahaiged sageli tugevat ärrituvust, ärevust ja depressiooni, mis on sarnane sellele, mida bipolaarsetel ehk maniakaaldepressiivsetel depressiivsetel perioodidel esineb. Kui seda ei ravita, kuritarvitavad nii bipolaarsed kui ka skisofreenilised uimasteid või alkoholi eneseravimise viisina.
Peamine erinevus skisofreenia ja bipolaarse häire sümptomite vahel on meeleolu. Bipolaarset haigust peetakse meeleoluhäireks, mida iseloomustavad kaks äärmuslikku meeleolu: maniakaalne optimism ja depressiivne lootusetus. Erinevad meeleolud on nii tõsised, et segavad bipolaarse igapäevaelu; sageli määratakse meeleolu stabilisaator, näiteks liitium. Skisofreenikutel ei ole kahte erinevat meeleoluperioodi, vaid nad kogevad pidevalt erinevaid sümptomite rühmi, mida nimetatakse negatiivseteks ja positiivseteks; neid saab kontrollida antipsühhootiliste ravimitega, nagu Haldol. Negatiivseid sümptomeid on ravimitega kõige raskem ravida; need ilmnevad alatalitlusena, näiteks emotsioonide, kõne või väljenduse puudumine, samas kui positiivsed skisofreenia sümptomid on liiga funktsionaalsed, näiteks häälte kuulmine või usk, et neil on üliinimlikud võimed.
Võimalik, et inimesel on mõlemad haigused või vähemalt kattuvad sümptomid. Skisoafektiivne diagnoos viitab inimesele, kellel on skisofreenia ja meeleoluhäire, nagu bipolaarne või raske depressioon. Suur depressiivne häire erineb bipolaarsest selle poolest, et sellel puudub maniakaalne faas. Eriti seotuks peetakse bipolaarset ja skisofreeniat. Uuringud on näidanud, et skisofreenia muudab inimese vastuvõtlikumaks bipolaarse häire tekkeks.
Kui pereliikmetel on kas skisofreenia või bipolaarne häire, suureneb risk haigestuda ühte või mõlemasse haigusesse. Perekonnal, kellel on anamneesis üks haigus, on tõenäoliselt ka teine haigus. Bipolaarsel ja skisofreenial on geneetilised komponendid, mis on seotud mõlema ajuhaigusega.