Ühed levinumad menstruatsiooni hilinemise põhjused on hormonaalne tasakaalutus, haigused, muutused ravimites ning menopaus või rasedus. Ebaregulaarset menstruatsiooni võivad soodustada ka liigne liikumine, kiired kaalumuutused, üle- või alakaalulisus ning vale toitumine. Tavaline menstruatsioonitsükkel on igal naisel erinev, sest osadel naistel on menstruatsioon nii sageli kui iga 20 päeva järel ja teistel vaid iga 35 päeva tagant. Ka tsükli pikkus on iga naise puhul erinev ja võib kesta kolm kuni seitse päeva.
Hormonaalne tasakaalutus on tsükli hilinemise tavaline põhjus. Tavalist hormonaalset häiret nimetatakse polütsüstiliste munasarjade sündroomiks ja see võib põhjustada ebaregulaarset menstruatsiooni või menstruatsiooni ärajäämist. Emotsionaalne stress, ärevus, väsimus ja hormoonasendusravi on mõned kõige levinumad tegurid, mis mõjutavad hormoonide taset. Häireid võivad põhjustada ka kehasse sattunud võõrained, nagu keskkonnasaaste, kemikaalid, sigaretisuits ja teatud kosmeetikavahendite liigne kasutamine. Ka rasedus ja imetamine on menstruatsiooni hilinemise sagedased põhjused.
Vale toit, milles on palju küllastunud rasvu, töödeldud toidud ja paljud rämpstoidud, võivad jätta keha ilma vajalikest toitainetest, mida ta vajab hormoonide taseme tasakaalustamiseks. Ebatervislikud muutused toitumises ja toitumishäired võivad viia kiire kaalulanguse või kiire kaalutõusuni, mis mõlemad võivad segada menstruatsioonitsüklit. Üldiselt kipub liigne kaal häirima hormoonide tööd ja on seega menstruatsiooni hilinemise peamine riskitegur. Treening võib aidata säilitada tervislikku kehakaalu, kuid seda tuleks teha mõõdukalt, sest regulaarne jõuline treenimine häirib ka tsüklit.
Menstruatsiooni hilinemist võivad põhjustada ka teatud ravimid, nagu rasestumisvastased tabletid, antidepressandid ja kortikosteroidid. Kui naine võtab rasestumisvastaseid tablette või jätab need ära, võib kehal kuluda mitu tsüklit, et kohaneda uue hormoonide hulgaga kehas. Muudatused teistes ravimites võivad samuti põhjustada menstruatsiooni hilinemist. Teised levinud põhjused on äge või pikaajaline haigus, nagu kilpnäärmehaigus, aju- või hüpofüüsi kasvaja, infektsioonid ja enneaegne munasarjapuudulikkus.
Perimenopaus on menopausi eelne staadium, kus keha hakkab vähendama hormoonide tootmist. Selle aja jooksul hakkavad tsüklid muutuma. Selle tagajärjeks on sageli kerge või raske tsükkel, hiline menstruatsioon või pikk menstruatsioonitsükkel.