Tüüpiline tsüstoskoopia protseduur tehakse kusepõie uurimiseks nii meestel kui naistel. Seda tehakse ambulatoorselt ja enamik inimesi saab koju naasta ühe kuni nelja tunni jooksul pärast eksami sooritamist. Anesteetikumi manustatakse tavaliselt enne uuringut, et kõrvaldada võimalik valu või ebamugavustunne.
Enne protseduuri palutakse inimesel uriiniproovi andmiseks kohale tulla tund enne vastuvõttu. Pärast uurimistuppa näitamist võtab patsient riided seljast, paneb selga riide või paberist hommikumantli ja lamab, olenevalt kasutatavast instrumendist, uuringulaual või jalad jalused. Seejärel katab uroloog patsiendi keha alumise poole linaga, puhastab suguelundite piirkonna, palub patsiendil lõõgastuda ja seejärel manustab valu ja ebamugavustunde minimeerimiseks kas lokaalanesteesia, üld- või spinaalanesteesia.
Tsüstoskoopia protseduuri ajal sisestab uroloog ureetrasse valgustatud tsüstoskoobi, mis on pikk ja õhuke käeshoitav instrument, millesse on integreeritud kaamera objektiiv, mis võib olla painduv või jäik. Kui instrument liigub läbi ureetra pikkuse, võib tunda kerget kipitus- või põletustunnet. Kui ureetra on tsüstoskoobi läbimiseks liiga kitsas, saab tsüstoskoobis olevasse õõnsasse ruumi sisestada väikesed kirurgilised tööriistad, et aeglaselt ureetra läbimõõtu laiendada.
Uroloog jätkab tsüstoskoobi edasiviimist, kuni põit on jõutud. Steriilset vedelikku võib põide aeglaselt lisada läbi tsüstoskoobi õõnsa. Vedeliku lisamine põide põhjustab põie seinte laienemist, mis võimaldab uroloogil saada selge ülevaate elundi sisemisest struktuurist. Suurenev põis põhjustab tavaliselt väga ebamugavat urineerimistungi, mis kestab kogu ülejäänud uuringu. Kui on ette nähtud biopsia või stendi eemaldamine, teeb uroloog selle praegu.
Pärast alumiste kuseteede uurimist tõmbab uroloog õrnalt tsüstoskoobi kusitist välja. Instrumendi eemaldamisel võib tekkida ebamugavustunne. Seejärel pühitakse suguelundite piirkond puhtaks eksami ajal kasutatud vedelikust või määrdeainest.
Olenevalt tsüstoskoopia protseduuri ajal kasutatud anesteetikumist erineb aeg, mille jooksul patsient peab pärast protseduuri jälgimiseks viibima. Kui kasutati lokaalanesteetikumi, saab patsient riietuda ja varsti pärast riietumist lahkuda. Kui tsüstoskoopia protseduuri ajal kasutatakse üld- või spinaalanesteetikumi, peab ta pärast uuringut üks kuni neli tundi jälgimiseks jääma. Pärast üld- või spinaalanesteesiat peab ta koju sõidutamiseks saadaval olema teine isik.