Bakterite endotoksiinide testimine hõlmab tavaliselt reaktiivide kasutamist, mis võimaliku saasteainega lahusesse segatuna põhjustavad reaktsiooni, mis näitab endotoksiini olemasolu. Kromogeenne testimine, geelhüübe test ja turbidimeetriline testimine on meetodid, mida teadlased tavaliselt bakteriaalsete endotoksiinide testimiseks kasutavad. Tehnikud kasutavad endotoksiiniga saastumise kontrollimisel neid hindamismeetodeid mitmesuguste ainete ja esemete puhul. Vesi, ravimite valmistamisel kasutatavad toorained, seadmed ja pakendid peavad kõik läbima endotoksiinistandarditele.
Bakteritel, seentel ja viirustel on kaitsev välismembraan, mis koosneb lipopolüsahhariididest, mida nimetatakse ka LPS-iks. Nende ahelate lipiidide osa sisaldab endotoksiine. Need ained jäävad tavaliselt membraani, kuid vabanevad rakkude jagunemise protsessis ja rakkude hävimise või lüüsi käigus. Inimestel põhjustavad need ained palavikku, ebanormaalset hüübimist, septilist šokki ja muid sümptomeid, kuigi erinevalt rakus olevatest eksotoksiinidest ei muutu endotoksiinid toksoidiks. Üldiselt kontrollivad mikrobioloogid erinevate gramnegatiivsete bakteritega, sealhulgas E. coliga seotud endotoksiinide olemasolu.
Geelhüübe test ehk Limulus ameboecyte lysate (LAL) test hõlmab membraani hävitava kemikaali kasutamist, mis on saadud hobuseraua krabi amööbotsüütidest, mida nimetatakse ka Limulus polyphemus’eks. Tehnikud jälgivad endotoksiinide positiivset märki, kui lüsaadi kokkupuutel kõnealuse objekti või ainega tekib hüübimine või geelistumine. Mikrobioloogid kasutavad seda bakteriaalsete endotoksiinide testimise meetodit tavaliselt koos kromogeense ja turbidimeetrilise testimisega lõplike tulemuste saamiseks.
Kromogeense bakteriaalse endotoksiini testimisel kasutatakse spetsiaalselt töödeldud LAL-i. Kui see lüsaat puutub kokku endotoksiiniga, tekitab reaktsioon spetsiifilise värvuse. Viimane testimisprotsess hõlmab lahuse hägususe või hägususe mõõtmist. Geelhüübetestis tekkinud lahuse eksponeerivad tehnikud spektrofotomeetrile, mis kiirgab valguskiire. Mõõtes valguse intensiivsuse kadu valgusvihus, kui see lahust läbib, saavad mikrobioloogid kindlaks teha, kas endotoksiin on olemas või mitte.
Laboritöötajad viivad need kolm bakteriaalse endotoksiini testi tavaliselt läbi kaks või kolm korda, et tagada täpsed tulemused. Geeli testi ei kasutata ainult, kuna selle madalaim avastamispiir on 0.03 Ehrlichi ühikut milliliitri kohta (EL/ml). Kromogeensed ja turbidimeetrilised testid tuvastavad endotoksiine vahemikus 0.005 EU/ml. Ohutusparameetrid erinevad olenevalt testitavast ainest suuresti. Kui süstimiseks või niisutamiseks kasutatav steriilne vesi ei tohi sisaldada rohkem kui 0.25 EU/ml, siis sissehingamiseks mõeldud steriilne vesi võib sisaldada kuni 0.5 EU/ml.