Ebanormaalsete või kahjustatud kudede piirkonnad, mida nimetatakse kahjustusteks, on omandatud immuunpuudulikkuse sündroomi (AIDS) tavaline sümptom. On olemas mitut erinevat tüüpi AIDS-i kahjustusi, mis on põhjustatud oportunistlikest infektsioonidest ja vähist, mis ründavad haiget, kuna AIDS nõrgestab tema immuunsüsteemi. Kõige nähtavamad AIDS-i kahjustused on nahal, kuid need võivad ilmneda ka siseorganites, näiteks ajus ja neerudes.
AIDS-i kahjustuste põhjus, mida enamik avalikkust tunneb, on Kaposi sarkoom, Kaposi sarkoomiga seotud herpesviiruse põhjustatud vere- ja lümfisoonte vähivorm. Enamikku viirusekandjaid see ei mõjuta, kuid nõrgenenud immuunsüsteemiga inimesel võib see tekitada ohvri organismis kiiresti levivaid pahaloomulisi kasvajaid. Tavaliselt on see esmalt nähtav naha kõrgenenud, tumenenud kahjustustena, mis on põhjustatud veresoonte moodustumise moonutusest, kuid edenedes levib see mõnikord suhu ja kehasse. Teised viirusinfektsioonid, mida AIDS-i põdejatel tavaliselt täheldatakse ja mis põhjustavad nahakahjustusi, on olluscum contagiosum ja nii suu kui ka suguelundite herpes simplex viirus.
Närvisüsteemis ilmnevad muud AIDS-i kahjustused. Toksoplasmoos, väga levinud algloomade infektsioon, mis on enamiku inimeste jaoks kahjutu, kuid väga ohtlik inimestele, kellel on tugevalt kahjustatud immuunsüsteem, võib AIDS-iga inimestel põhjustada aju- ja silmakahjustusi. Teine AIDS-i patsientidele ohtlik nakkus, mis on üldpopulatsioonis levinud ja tavaliselt kahjutu, on progresseeruv multifokaalne leukoentsefalopaatia (PML). PML põhjustab aju valgeaine kahjustusi, mis põhjustavad motoorse kontrolli vähenemist; muutused nägemises, kõnes ja isiksuses; ja lõpuks surm ravi puudumisel. Teine levinud ajukahjustuste põhjus AIDS-iga inimestel on teatud tüüpi kasvaja, mida nimetatakse primaarseks kesknärvisüsteemi lümfoomiks, mis võib põhjustada peavalu, krampe ja dementsust.
AIDSi, sellega kaasnevate oportunistlike haiguste või AIDS-i ravimite kõrvaltoimete tõttu võivad kahjustused tekkida ka teistes kehapiirkondades. Kaugelearenenud Kaposi sarkoom võib põhjustada AIDSi kahjustusi seedetraktis, kopsudes või lümfisõlmedes. Märkimisväärne osa AIDS-i põdejatest on nakatunud ka C-hepatiidiga, mis põhjustab maksakahjustusi ja võib samuti põhjustada väikseid nahakahjustusi, tavaliselt jalgadel. Retroviirusevastased ravimid, mida tavaliselt kasutatakse AIDSi arengu aeglustamiseks, võivad suurtes kogustes või pikema aja jooksul võtmisel põhjustada maksakahjustusi. Mõnel AIDS-i põdejal tekib HIV-ga seotud nefropaatia, mis põhjustab neerukahjustusi ja võib lõpuks põhjustada neerupuudulikkust.