Vaatamata paljude maheaednike soovile ja headele kavatsustele, tuleb aeg, mil aiakultuure nakatavate ja hävitavate putukate kõrvaldamiseks tuleb kasutada insektitsiide. Paljud eelistavad kasutada looduslikku insektitsiide, mitte sünteetiliselt toodetud keemilist insektitsiide. Rotenoon ja püreetrum on mõlemad väga hästi tuntud ja laialdaselt kasutatavad looduslikud taimedest saadud insektitsiidid. Muud looduslikud insektitsiidid hõlmavad nikotiini, neemiõli ja seepi.
Rotenooni ja püreetrit kasutatakse tavaliselt looduslike insektitsiididena. Rotenoon on saadud perekonda Derris kuuluvate troopiliste ja subtroopiliste taimede juurest. Rotenoon toimib laia toimespektriga loodusliku insektitsiidina, mis mürgitab nii kokkupuutel kui ka allaneelamisel. Rotenooni kasutatakse tavaliselt tolmu või pihustina ning kuigi see ei ole taimedele toksiline, on see kaladele väga mürgine ja soojaverelistele imetajatele mõõdukalt mürgine.
Püretrum on saadud Dalmaatsia krüsanteemist ja seda kasutatakse tolmu või vedela suspensiooni kujul. Suurtes kontsentratsioonides toimib see loodusliku insektitsiidina, rünnates putuka kesknärvisüsteemi. Püreet väikestes kontsentratsioonides ei pruugi olla putukatele mürgine, kuid see säilitab võime putukaid tõrjuda. Püreet on mürgine kaladele, kuid vähem toksiline imetajatele kui sünteetilised pestitsiidid. See on biolagunev ja laguneb valguse käes kergesti.
Mõned maheaednikud soovitavad kasutada seepi, mida on loodusliku insektitsiidina kasutatud sadu aastaid. Vedela nõudepesuvahendi, näiteks Ivory, lahjendamine veega 1–2% lahuseni, mida saab pihustada taimede katmiseks, on osutunud tõhusaks putukate tõrjumisel. Olge siiski ettevaatlik, kuna korduv ja põhjalik katmine suure kontsentratsiooniga seebiga võib teatud tüüpi taimi kahjustada. Seep kui looduslik insektitsiid võib olla inimestele ja loomadele palju vähem toksiline kui muud alternatiivid, kuid see võib olla ka palju vähem efektiivne, eriti nakkuse ravimisel.
Kuigi nikotiin, neem ja muud botaanilised insektitsiidid, mida siin ei käsitleta, on osutunud tõhusaks minimaalse või mõõduka eduga, tuleks kõiki looduslikke insektitsiide kasutada võimalikult vähe. See, et kasutate pigem looduslikku kui sünteetilist putukamürki, ei tähenda, et see oleks loomadele või inimestele vähem kahjulik. Igat tüüpi looduslikke insektitsiide tuleks kasutada ohutult ja ainult sellise sagedusega, mis on vajalik terve puu- või köögiviljasaagi säilitamiseks.