Patsient võtab endoskoopia ettevalmistamise etapid, mis hõlmavad harimist ja keha ettevalmistamist protseduuriks. Need sammud hõlmavad kõike alates konsultatsioonist arstiga kuni toidu, ravimite ja tubakatarbimise lõpetamiseni enne testi. Patsiendid peavad isegi arvestama riietega, mida nad protseduuri ajal kannavad. Haiglas jätkavad ta ja tema meditsiinitöötajad endoskoopilist ettevalmistust, mille eesmärk on aidata testil toimuda võimalikult sujuvalt ja tõhusalt. Mõnede nende preparaatide olemuse tõttu nõuavad endoskoopiad üldjuhul patsiendi saatmist kojusõidul.
Üks esimesi samme endoskoopia ettevalmistamisel on arsti ja patsiendi vaheline kohtumine. Selle vastuvõtu ajal selgitab arst patsiendile protseduuri ning endoskoopilise ettevalmistuse ja järelhoolduse samme. Seejärel vastab ta kõigile küsimustele, mis patsiendil võivad tekkida.
Patsient räägib arstile kõigist oma allergiatest, samuti avalikustab kõik oma retsepti- ja käsimüügiravimid. Arst ütleb talle enne endoskoopiat, kas ta peab ravimite võtmise lõpetama või mitte, ja kui jah, siis milliste ravimite võtmise ja kui kauaks ta peab lõpetama. Üldiselt soovitavad arstid patsientidel loobuda ravimitest, mis sisaldavad aspiriini või sukralfaati. Need ravimid võivad anda valeandmeid. Enne vastuvõtu lõppu laseb arst patsiendil allkirjastada nõusolekuvormi, mis kinnitab, et ta mõistab endoskoopia ettevalmistamise etappe, protseduuri riske ja järelhoolduse nõudeid.
Tavaliselt määratakse endoskoopiad hommikutundidele, sest patsiendid peavad söömise ja joomise lõpetama vähemalt kaheksa tundi enne protseduuri. Mõned arstid soovitavad patsientidel lõpetada söömine 10 tundi enne testi. Selgeid vedelikke võib lubada neli tundi enne endoskoopilist protseduuri ja tavaliselt lubatakse patsientidel enne haiglasse lahkumist hambaid pesta. Kui arst leiab, et patsient võib teatud oluliste ravimite võtmist jätkata, võib patsient neid üldjuhul võtta kaks tundi enne protseduuri koos lonksuga. Tavaliselt soovitatakse tubakatarbijatel lõpetada tubakatoodete kasutamine vähemalt kuus tundi enne endoskoopiat.
Patsiendi endoskoopia ettevalmistus jätkub haiglas. Tõenäoliselt küsib tema arst või õde temalt, kas ta järgis kõiki teisi endoskoopia ettevalmistamise etappe. Patsiendid peaksid kandma protseduuri hommikul avaraid riideid, ilma tõmblukkude, rinnahoidja alustraa ja muude metallideta. Kui patsient kannab proteese või prille, peab ta need enne endoskoopiat eemaldama. Mõned arstid võivad eelistada, et patsiendid eemaldaksid kõik ehted, nagu suured kõrvarõngad ja kaelakeed, aga ka keele- või huuleaugustused.
Tavaliselt saavad patsiendid paikse anesteetikumi vahetult enne endoskoopiat. See tuimestab suu ja kurgu piirkonda, et vältida ummistumist. Sõltuvalt arstist ja patsiendist võib patsient saada ka ärevusvastaseid ravimeid, anesteesiat või mõlemat. Mõlemat või mõlemat neist ravimitest võib kasutada patsiendi lõdvestamiseks ja ummistumise, jäikade ja kokkutõmbunud lihaste vältimiseks ning reflekside rahustamiseks. Tavaliselt ei tohi äsja endoskoopilise protseduuri läbinud patsient ise koju sõita ja ta peab lahkuma haiglast koos pereliikme, sõbra või muu usaldusväärse tuttavaga.