Kuigi hallitus on looduslikult esinev seen, on musta hallitusega mõned terviseriskid, mille raskusaste on erinev. Mõnes maailma elanikkonnas võib must hallitus põhjustada allergilist reaktsiooni. See reaktsioon võib olla nii kerge kui sügelevad, vesised silmad või nii ohtlik kui hingamisvõimetus. Musta hallitusega kaasnevad ka muud terviseriskid, sealhulgas kopsude või naha seeninfektsioon ja mükotoksiinide mürgistus.
Must hallitust peetakse allergeeniks. Selle suhtes tundlikel inimestel võib must hallitus põhjustada immuunsüsteemi ülekoormust, põhjustades allergilise reaktsiooni. Musta hallituse allergia sümptomiteks on sügelevad silmad, aevastamine, kriimustav kurk ja nõgestõbi. Rasketel juhtudel võib must hallitus põhjustada selle suhtes allergiliste inimeste hingamisteede sulgumist, mistõttu on turse vähendamiseks ja hingamise reguleerimiseks vaja meditsiinilist sekkumist. Mõnede astmahaigete jaoks võib must hallitus mõnikord põhjustada astmahoo. Antihistamiine, inhalaatoreid ja epinefriini saab kasutada seda tüüpi musta hallituse terviseriskide ennetamiseks, kontrollimiseks ja raviks.
Mõnel juhul võib must hallitus põhjustada kopsude või naha infektsiooni, kui hallitusseente eoseid sisse hingata. Kuna must hallitus on seen, võivad teatud tüübid mõnedel inimestel, eriti immuunhäiretega inimestel, põhjustada infektsiooni. Kõige tavalisem infektsiooni tüüp on tuntud kui aspergilloos; selle nimi on tuletatud seda põhjustava hallituse nimest: aspergillus. Kopsude seeninfektsiooni sümptomiteks on tugev valu rinnus ja vilistav hingamine. Ravimata jätmise korral võib infektsioon levida nahale, ajju, südamesse ja neerudesse ning võib vajada haiglaravi. Kui nakkust tabatakse piisavalt varakult, saab seda ravida suukaudsete ravimitega.
Üks tõsisemaid musta hallituse terviseriske on mükotoksiinide toksilisus. Must hallitus eritab teatud kasvufaasides mükotoksiinina tuntud toksiini. Tegelikult areneb mükotoksiini toksilisus siiski harva. Enamikul juhtudel ei põhjusta isegi halvimad majapidamises esinevad hallituse juhtumid seda probleemi. Selleks, et see terviseprobleem areneks, peab esinema liiga palju musta hallitust ja inimene peab sellega kokku puutuma kuid, kui mitte aastaid. Kui mükotoksiinide mürgisus tekib, on see üks ohtlikumaid terviseriske musta hallitusega. Enamasti on oodata teatud tüüpi närvikahjustusi; kui seda kohe ei ravita, võib see lõppeda surmaga.
Enamiku inimeste jaoks pole kokkupuude musta hallitusega midagi muud kui ärritav. See seen võib siiski olla mürgine ja kokkupuudet musta hallitusega tuleks piirata või vältida. Kodus, eriti kui kohal on väikesed lapsed, tuleks must hallitus võimalikult kiiresti likvideerida ja kui hallitust on palju, tuleks pöörduda spetsialisti poole, et saada eemaldamisjuhiseid või teenuseid.