Paljud naised muretsevad menstruatsiooni hilinemise pärast, kuid see võib olla tingitud mitmest põhjusest, millest paljusid ei peeta eriti kahjulikuks. Üks levinumaid menstruatsiooni hilinemise põhjuseid on hormonaalsed muutused, mis võivad olla tingitud rasedusest, rinnaga toitmisest või teatud tüüpi rasestumisvastastest vahenditest. Dieet ja trenn võivad menstruatsiooni edasi lükata, sest liiga palju treeningut ja liiga vähe toitu võivad kehal menstruatsiooni ajutiselt katkestada. Mõned seisundid võivad põhjustada ka ebaregulaarseid menstruatsioone, nagu kilpnäärmehaigus, hüpofüüsi kasvaja või polütsüstiliste munasarjade sündroom.
Üks levinumaid menstruatsiooni hilinemise põhjuseid on rasedus, mistõttu peaksid menstruatsiooni hilinemisele eelnenud kuudel seksuaalvahekorras olnud naised tegema rasedustesti. Kui see on negatiivne ja nad on hiljuti alustanud uut tüüpi hormonaalset rasestumisvastast vahendit, tuleb märkida, et see võib põhjustada menstruatsiooni hilinemist. Murelikud naised võivad lugeda oma rasestumisvastaste vahendite pakendit või küsida selle kohta arstilt, et olla kindel, et see probleem on. Naised, kes on hiljuti sünnitanud ja toidavad last rinnaga, peaksid teadma, et neil ei teki tõenäoliselt menstruatsiooni enne, kui nad on oma lapsest võõrutanud, seega ei ole menstruatsiooni hilinemine sellistel juhtudel tavaliselt murettekitav.
Kui menstruatsioon hilineb umbes samal ajal, kui naine muudab oma dieeti või treeningrutiini, võib see olla tõenäolise põhjuse tugev näitaja. See kehtib eriti naiste kohta, kes üritavad kaalust alla võtta, kuna ebapiisav toitainesisaldus ja liigne füüsiline aktiivsus on mõned võimalikud põhjused, miks menstruatsioon võib hilineda. Isegi naised, kes on kaotanud kaalu, võivad seda probleemi märgata, kui nende kaal on nende pikkuse kohta liiga madal, kuna menstruatsiooniks on tavaliselt vaja tervislikku keharasva. Kui kehal on probleeme praeguse rasvasisaldusega ellujäämisega, hakkab ta energia säästmiseks süsteeme välja lülitama ja menstruatsioon on sageli üks esimesi sündmusi, mille keha peatab. Seda seetõttu, et seda ei peeta organismi ellujäämiseks vajalikuks, mistõttu peaks kaalutõus ja piisav toitainete söömine menstruatsiooni tagasi tooma.
On ka mõningaid haigusseisundeid, mida peetakse menstruatsiooni hilinemise põhjuseks, kusjuures polütsüstiliste munasarjade sündroom on tavaline. Seda nimetatakse tavaliselt ka PCOS-iks ja see on hormoonide tasakaalustamatus, mis võib põhjustada viljatust, juuste hõrenemist ja ebaregulaarseid menstruatsioone. Teisest küljest tekib mõnel naisel hüpofüüsi kasvaja, mis stimuleerib keha prolaktiini tootma, mille tulemuseks on menstruatsiooni hilinemine. Lisaks on kilpnäärme probleem üks menstruatsiooni hilinemise võimalikest põhjustest. Arsti poole pöördumine võib põhjustada selliste seisundite diagnoosimise ja ravi.