Bipolaarse häire, mida nimetatakse ka maniakaal-depressiivseks häireks, põhjuseid võib olla raske täpselt kindlaks teha. Seda seetõttu, et vaimse tervise probleemide päritolu on mõnikord raskem hinnata kui füüsilise iseloomuga probleeme. Teadlased usuvad, et on mitmeid asju, mis võivad põhjustada bipolaarset häiret, aidata kaasa selle arengule või aidata vallandada selle episoode. Need hõlmavad hormonaalset tasakaalustamatust, ajus leiduvaid looduslikke kemikaale ja geneetikat. Teadlased usuvad ka, et süüdi võivad olla inimese aju füüsilised muutused ning ka keskkonnategurid võivad selle arengus oma osa mängida.
Hormoone ja hormonaalset tasakaalustamatust peetakse tavaliselt bipolaarse häire võimalikeks põhjusteks ning need võivad põhjustada või vallandada bipolaarsete sümptomite episoode; sellised tasakaaluhäired on näiteks tavaliselt seotud depressiooni vallandamisega, mis tähistab bipolaarse häire depressiivset faasi. Hormoonide muutused võivad vallandada ka emotsioonide ja energia tõusud, mis tähistavad maniakaalset staadiumi.
Ajufaktorid on ka bipolaarse häire põhjuste hulgas. Teadlased on avastanud, et bipolaarse häirega inimestel on tavaliselt ajus füüsilised muutused. Näiteks bipolaarse häirega inimestel võivad väikeajud olla väiksemad. Teadlased uurivad endiselt, kuidas ja miks võivad füüsilised ajumuutused põhjustada või kaasa aidata bipolaarse häire tekkele.
Looduslikud ajukemikaalid, mida nimetatakse neurotransmitteriteks, võivad samuti kaasa aidata bipolaarse häire tekkele. Need kemikaalid aitavad kontrollida aju normaalset talitlust. Kui need kemikaalid on tasakaalust väljas, võivad ilmneda bipolaarse häire sümptomid. Näiteks neurotransmitter, mida nimetatakse norepinefriiniks, võib mõjutada selle seisundi tüüpilisi emotsionaalseid tõuse ja langusi. Kui norepinefriini tase on normist kõrgem, võib inimesel tekkida maania; madal tase võib vallandada depressiivse staadiumi.
Geneetika võib samuti olla bipolaarse häire väljakujunemise tegur. Kui inimesel on bipolaarse häirega sugulane, võib tal see tõenäolisemalt tekkida. Osa bipolaarsetest uuringutest hõlmab katset teha kindlaks, millised geenid võivad selle arengus rolli mängida. Tihedamad geneetilised suhted võivad tähendada suuremat tõenäosust, et inimene pärib geneetilised tunnused, mis põhjustavad või aitavad kaasa bipolaarse häire arengule.
Paljud teadlased usuvad ka, et keskkonnategurid on bipolaarse häire põhjuste hulgas. Näiteks võib traumaatiline sündmus mõnel inimesel vallandada selle alguse. Teistel võib haigusseisund tekkida ka pärast uimastitarbimist. Isegi tõsine emotsionaalne stress võib selle arengule kaasa aidata muude tegurite olemasolul, mis näivad mõjutavat bipolaarset häiret.