Toidumürgituse kestus sõltub eelkõige haiguse põhjustanud organismist või toksiinist. Toidumürgituse kestust võivad mõjutada ka inimese vanus ja füüsiline seisund. Enamikul juhtudel paraneb toidumürgitus ühe kuni seitsme päeva jooksul. Tõsised juhtumid võivad siiski võtta kauem aega, eriti kui toksiinid on levinud vereringesse või muudesse kehapiirkondadesse. Kiireks taastumiseks peaksid haiged jääma vedelikku ja pöörduma arsti poole, kui nende seisund mõne päeva jooksul halveneb või ei parane.
Kõige levinumad toidumürgituse põhjused on bakterid. Mõned näited haigusi põhjustavatest bakteritest on Clostridium botulinum, Vibrio parahaemolyticus, Staphylococcus aureus, Escherichia coli (E coli), Bacillus cereus, Clostridium perfringens ja Shigella. Mõned neist organismidest põhjustavad sümptomeid, mis paranevad mõne päeva jooksul, samas kui teised põhjustavad tõsisemaid haigusi.
Clostridium botulinum on bakter, mis põhjustab haruldast haigust, mida nimetatakse botulismiks. Kõige sagedamini tekib see pärast valesti konserveeritud toitude nagu tšilli, maisi või supi tarbimist. Botulismi raviks antakse patsientidele antitoksiini, mis takistab mürgi levikut vereringesse. Isegi pärast toidumürgituse ravi võib selle seisundi taastumiseks kuluda nädalaid. Ravimata jätmise korral võib botulism põhjustada halvatust või surma.
Teine toidumürgituse põhjus, mis kipub kestma pikka aega, on Vibrio parahaemolyticus. Seda bakterit leidub alaküpsetatud toidus ja karpides. Pärast saastunud toidu tarbimist hakkavad enamikul inimestel 12–14 tunni jooksul ilmnema sümptomid, nagu palavik ja oksendamine. Need sümptomid püsivad tavaliselt kaks kuni viis päeva. Rasked juhtumid võivad kesta kuni 10 päeva.
Staphylococcus aureus’e, Escherichia coli (E coli), Bacillus cereus’e, Clostridium perfringens’i ja Shigella põhjustatud toidumürgitus paraneb tavaliselt palju kiiremini. Enamikul juhtudel ilmnevad sümptomid vähem kui 24 tunni jooksul ja püsivad üks kuni kaks päeva. Seda tüüpi toidumürgitused on harva tõsised. Siiski, kui sümptomid süvenevad või ei parane kolme või nelja päeva jooksul, peaksid haiged konsulteerima oma arstiga.
Kahjulike toksiinide allaneelamine võib samuti põhjustada mürgistust. Mürgiste toitude näideteks on mitut tüüpi metsaseened, kõrge elavhõbedasisaldusega kalad ja pestitsiididega koormatud tooted. Mürgiste kemikaalide põhjustatud toidumürgituse kõige levinumad sümptomid on iiveldus, kõhulahtisus ja oksendamine. Kui sümptomid mõne päeva jooksul ei parane, peaksid haiged pöörduma arsti poole. Tõsiste sümptomite all kannatavad inimesed peaksid viivitamatult konsulteerima oma arstiga, kuna teatud toksiinid võivad lõppeda surmaga.
Toidumürgituse põhjuseks võivad olla ka viirus- ja algloomnakkused. Viirusnakkused, nagu need, mis on põhjustatud saastunud karpide tarbimisest, kestavad tavaliselt kaks kuni kolm päeva. Algloomade infektsioonid, nagu amööbias, krüptosporiidiumi enteriit ja giardiaas, arenevad tavaliselt nädala jooksul pärast saastunud vee tarbimist. Need infektsioonid tekitavad sümptomeid, mis võivad kesta mõnest päevast mitme nädalani. Võimaliku saastunud vee vältimine on üks parimaid viise viirus- või algloomadest põhjustatud toidumürgituse ärahoidmiseks.
Inimese vanus võib mõjutada ka toidumürgituse kestust. Pärast toksiini või ohtliku organismiga kokkupuudet kannatavad imikud ja vanemad täiskasvanud tõenäolisemalt pikaajaliste haigushoogude all. Samuti on neil suurem risk pikaajaliste kõrvaltoimete tekkeks pärast toidumürgitust.
Rasedatel ja nõrgenenud immuunsüsteemiga inimestel võib tekkida ka tõsisem toidumürgitus. Kuna immuunsüsteem ei suuda infektsiooniga võidelda, võib toidumürgituse kestus neil inimestel olla pikem. Suurem on ka oht, et infektsioon levib vereringesse või mõjutab olulisi organeid. Potentsiaalselt ohtlike tüsistuste vältimiseks peaksid üle paari päeva kestvad juhtumid läbi vaatama meditsiinitöötaja.