Rukkileiva küpsetamisel on üldjuhul mitu rukkijahu valikut. Parim kasutatav jahu sõltub küpsetatava leiva tüübist ja sellest, kui palju rukkimaitset soovite. Mõned retseptid täpsustavad ka teatud tüüpi jahu. Levinud sortide hulka kuuluvad pumpernikkel, täisrukkijahu ja keskmine rukkijahu. Hele või valge rukis on tavaliselt nii kerge maitsega, et mõned pagarid eelistavad seda vältida.
Tavaliselt on Ameerika Ühendriikides nii keskmise suurusega rukki- kui ka pumperniklijahu täisterajahu tüübid. Pumpernikli jahu kasutatakse tavaliselt pumpernikli leiva, südamliku tumeda võileiva valmistamiseks. Keskmist jahu kasutatakse tavaliselt tavaliste rukkileiva retseptide jaoks. Pumpernikli jahu jahvatatakse tavaliselt jämedamalt kui keskmine rukkijahu, mistõttu saadakse tumedam leib. Mõnel juhul pole pumpernikkeljahu tegelikult jahu, vaid jahvatatakse toidu tekstuuriks või isegi rukkihelvesteks.
Keskmine rukkijahu või jahu, millel on silt “rukis”, on leiva küpsetamiseks tavaline valik. Mõõduka maitsega pätsi saad, kui kasutad keskmist jahu. Teine võimalus on kasutada jahusegu, kui soovid teha pehme võileivalaadse leivapätsi.
Kui soovite rukkileivast valmistada tumedamat, tugevama maitsega varianti, võite keskmise rukkijahu asemel kasutada pumpernikkeljahu. Mõned pagarid ei soovita aga üldse kasutada pumpernikli jahu, kuna pole selget määratlust, mis see on. Täisrukkijahu kasutamine on tumedate leibade ja pumperniklist leibade jaoks ohutu panus, kuna on garanteeritud, et kasutate päris jahu. Kuna need jahud on tavaliselt madala gluteeni- ehk valgusisaldusega, segavad enamik pagareid neid mõne universaalse nisujahuga, et saada mitte liiga tihe leivapäts.
Tekstuurilt ja maitselt sarnane universaalse või valge nisujahuga, hele rukkijahu on nii peeneks jahvatatud, et suur osa rukkimaitsest on kadunud, mis tähendab, et see ei ole tavaliselt hea valik leibade küpsetamiseks. Kui valmistate sellest jahust küpsiseid või muid õrnaid küpsetisi, võib kerge jahu olla parim valik.
Kõige pikema säilivusajaga on heledad rukkijahud, kuna sealt eemaldatakse kiiresti rääsunud kliid ja idud. Täisterajahude säilivusaega saab õigel säilitamisel pikendada. Keskmist ja täisjahu tuleks hoida sügavkülmikus tihedalt suletud anumates või kottides.