Kui immuunsüsteem toimib normaalselt, tekib organismis vastusena oma valkudele taluvus. Mõnel juhul võib aga tekkida autoimmuunsusseisund, mille puhul immuunsüsteem tunneb ära ühe või mitu organismi valku ja reageerib sellele. Kui see juhtub, võib tekkival immuunreaktsioonil olla tervisele tõsine mõju.
Immuunsüsteem on arenenud väga spetsiifiliseks reaktsiooniks, mis tunneb ära ja hävitab võõrvalgud ja organismid. Sellega seoses teeb immuunsüsteem vahet ainult “ise” ja “mitteise” vahel. Valgud, mida keha toodab, on ise ja vallandavad immunoloogilise taluvuse seisundi; viiruste, bakterite, parasiitide, taimede, loomade ja teiste inimeste valgud on mitteiseloomulikud ja võivad potentsiaalselt käivitada immuunvastuse.
Immunoloogiline tolerantsus on seisund, kus immuunvastus on omavalkude suhtes aktiivselt alla surutud. Mõnes olukorras võib keha aga ühe või mitme omavalgu suhtes välja arendada immuunvastuse, mitte tolerantsi. Seda isejuhitavat immuunvastust nimetatakse autoimmuunsuseks.
Tuntumad autoimmuunhaigused on 1. tüüpi diabeet ja reumatoidartriit, aga ka hulgiskleroos ja luupus. Igal juhul tekivad autoimmuunhaiguse sümptomid, kui immuunsüsteem ründab omavalke. Sellest tulenev immuunvastus võib põhjustada kudede hävimist, kroonilist põletikku ja muid kurnavaid sümptomeid.
Näiteks 1. tüüpi diabeedi korral hävitavad immuunrakud kõhunäärme insuliini tootvad rakud, mistõttu tekib vajadus välise insuliiniallika järele. Seevastu reumatoidartriit on liigesekudede rakupõhise immuunvastuse tulemus, mis põhjustab kroonilist valu ja põletikku. Süsteemne luupus tekib siis, kui keha toodab autoimmuunseid antikehi, mis reageerivad teatud tüüpi valkudele, mida leidub peaaegu kõigis keharakkudes. See haigusvorm võib olla eriti ohtlik, kuna see võib mõjutada elundeid, liigeseid, lihaseid ja verd.
Kuigi autoimmuunsuse üldised põhjused pole teada, püüavad mitmed teooriad võtta arvesse autoimmuunhaiguste arengu mustreid populatsioonides. Üks teooria põhineb tõsiasjal, et naistel tekib autoimmuunsus tõenäolisemalt kui meestel, ning lisaks sellele, et rasedus suurendab naise riski autoimmuunhaiguse tekkeks. Selle teooria kohaselt suureneb see risk, kuna naised puutuvad raseduse ajal kokku loote valkudega läbi platsentaarbarjääri, mis võib häirida enesevalgu taluvust.
Teine teooria püüab selgitada, miks autoimmuunhäirete esinemissagedus on paljudes lääneriikides viimastel aastakümnetel suurenenud. Hügieenihüpotees selgitab, et suurem keskendumine hügieenile on vähendanud kokkupuudet mitte-ise valkudega ja vähendanud immuunsüsteemi võimalust “õppida”, kuidas teha vahet iseenda ja mitte-ise vahel. Selle teooria kohta on mõningaid tõendeid tõsiasi, et autoimmuunsus on läänemaailmas palju rohkem levinud kui riikides, kus üks või mitu nakkushaigust on elanikkonnale endeemilised.