Homotsüsteiini taset kehas võivad mõjutada paljud erinevad tegurid, mis võivad olla väga olulised, kuna teadaolevalt on kõrgenenud tase seotud suurenenud trombide, südameinfarkti ja insuldi riskiga. Teatud geneetilised häired võivad põhjustada probleeme homotsüsteiini lagunemisega, põhjustades selle taseme tõusu. Inimestel, kes ei saa piisavalt mõnda B-vitamiini, võib olla ka kõrgenenud tase. Mitmed haigusseisundid, sealhulgas kilpnäärme- ja neeruhaigused, võivad mõjutada aminohapete sisaldust, nagu ka teatud tüüpi ravimid. Naistel on sageli tegur vanus, peamiselt seetõttu, et muutuv hormoonide tase võib põhjustada muutusi homotsüsteiini tasemes.
Inimestel, kellel on geneetilised häired, mis põhjustavad homotsüsteiini lagundada aitavate vahendaja molekulide talitlushäireid või puudumist, on tavaliselt kõrgenenud tase. Homotsüstinuuria, tõsine seisund, mida tavaliselt diagnoositakse lapsepõlves, kus vahendaja molekulid puuduvad, põhjustab hulgaliselt probleeme, mis on seotud väga kõrge homotsüsteiini tasemega veres. Kergem haigusseisund on hüperhomotsüsteineemia, kus vahendaja molekulid on olemas, kuid ei tööta optimaalsel tasemel.
B-vitamiinid mängivad ka suurt rolli inimese homotsüsteiini tasemes. Foolhape, vitamiin B6 ja vitamiin B12 on kõik kriitilised homotsüsteiini lagunemisel ning nende puudumine põhjustab taseme tõusu. Need, kes ei saa neid vitamiine oma dieediga piisavalt, võivad vajada toidulisandit või süüa rohkem neid sisaldavaid toite, et homotsüsteiini tase normaliseerida.
Mõned meditsiinilised probleemid võivad põhjustada homotsüsteiini taseme tõusu. Probleemi võib põhjustada kilpnäärmehormooni tootmise vähenemine, nagu ka neeruhaigus. Süüdi võib olla ka nahahaiguse psoriaas.
Ravimid võivad põhjustada ka homotsüsteiini taseme kõikumist inimese kehas. Rasestumisvastaste pillide võtmine võib aidata alandada taset, kuna need suurendavad östrogeeni taset, mis näib mõjutavat homotsüsteiini. Epilepsiaravimeid võtvatel patsientidel võib olla suurem kogus homotsüsteiini. Teine ravim, mis võib põhjustada taseme tõusu, on metotreksaat.
Naistel võib elu jooksul tekkida muutus homotsüsteiini tasemes östrogeenitaseme muutuste tõttu. Rasedad naised avastavad sageli, et nende tase langeb, kuna neil on tavapärasest rohkem östrogeeni. Vanemad naised, kes on läbinud menopausi, kui östrogeeni tase loomulikult väheneb, näevad tavaliselt nende homotsüsteiini tõusu. Östrogeenilisandite võtmine võib aidata neid alandada.