Patogeen pärineb kahest kreeka sõnast: pathos tähendab “haigust” ja genein, mis tähendab “tootma”. See viitab ainele või mikroorganismile, mis on võimeline tekitama haigusi. Prioonid on näide patogeensetest ainetest. Kui tegemist on mikroorganismide levikuga, võib süüdlane olla seen, algloom või bakteriaalne patogeen. Viirused võivad kuuluda mikroorganismidena, kuid kuna nende elus püsimise üle on vaidlusi, võib need liigitada ka haigustekitajate kategooriasse.
Kõik bakterid ei ole patogeensed, kuid need, mis on, võivad ohustada loomade, inimeste ja taimede elusid. Bakteriaalsete patogeenide näideteks on Mycobacterium tuberculosis, Streptococcus, Bacillus anthracis, Rickettsia, Listeria ja Salmonella. Bakteri patogeensus mõõdab selle võimet või tõenäosust põhjustada haigusi, mõõdetuna kvantitatiivselt selle virulentsusena. Konkreetseid tegureid, mis põhjustavad bakteriaalsete patogeenide virulentsust, nimetatakse virulentsusteguriteks.
Virulentsustegurid hõlmavad mitmesuguseid omadusi, mis aitavad kaasa selle edule peremeesorganismis või selle pinnal ja haiguste põhjustamisel. Bakteriaalsetel patogeenidel võib olla suhteliselt vähe või palju virulentsustegureid. Bakteriaalsete patogeenide tegurid võivad hõlmata toksiinide tootmist, valkude olemasolu, mis aitavad peremeesorganismiga kinnituda, ja võimet kaitsta oma pinda.
Veel üks viis bakteriaalsete patogeenide tõhususe vaatlemiseks on võtta arvesse nende invasiivsust ja toksikogeneesi. Sel juhul on võime toota toksiine, mis mõjutavad kudesid nii kasvu- või invasioonipunkti lähedal kui ka kaugemal, kõigist teguritest, mis võimaldavad bakteritel edukalt teise organismi tungida.
Bakteriaalsed patogeenid alustavad rünnakuid peremeesorganismi vastu koloniseerimise teel, asudes peremeesorganismi kudedesse, tavaliselt kohas, mis säilitab kontakti väliskeskkonnaga. Inimese peremeesorganismi puhul hõlmab see sidekesta, seedetrakti, hingamisteid ja urogenitaaltrakti. Bakteriaalsed patogeenid kasutavad peremeesrakkude retseptoritega suhtlemiseks adhesiine.
Bakteriaalsete patogeenide nakatumise järgmist etappi nimetatakse invasiooniks. Sissetungivaid baktereid võivad aidata ained, mida nimetatakse invasiinideks, millel on kaks eesmärki: kahjustada peremeesrakke ja võimaldada bakteriaalse patogeeni levikut.
Bakteriaalsete patogeenide põhjustatud nakkushaigusi saab ravida ühe kolmest erinevast antimikroobsete ainete rühmast. Looduslikult esinevate antimikroobikumide rühma nimetatakse antibiootikumideks; keemiliselt sünteesitud antimikroobsete ainete rühma nimetatakse kemoterapeutilisteks aineteks; ja hübriidid algavad looduslikult esineva ainega, mida muudetakse. Mõningaid esimese rühma liikmeid saab nüüd sünteesida.