Arvestades protseduuri invasiivsust, on enamik lumbaalpunktsiooni tüsistusi harvad. Kõige sagedasem tüsistus on peavalu, mis esineb umbes neljal kümnest lumbaalpunktsiooniga patsiendist ja taandub tavaliselt ühe nädala jooksul. Muud tüsistused on tõsisemad, kuid esinevad palju harvemini. Meningiit, närvijuure vigastus ja pikaajaline seljavalu on võimalikud, kuigi harva esinevad nimmepunktsiooni tüsistused.
Peavalu, mis tekib pärast lumbaalpunktsiooni, nimetatakse postduraalseks punktsiooniks. Selle põhjused pole teada. Seda esineb sagedamini naistel kui meestel ja harvemini nii noorematel kui eakatel patsientidel. Mitmed uuringud näitavad, et lumbaalpunktsiooniks kasutatava nõela valik mõjutab seda tüüpi lumbaalpunktsiooni tüsistuste esinemissagedust. Tundub, et pliiatsiotsaga nõelad, erinevalt kaldotsaga nõeltest, vähendavad oluliselt postduraalse punktsioonijärgse peavalu esinemist.
Uuringud näitavad, et voodipuhkus ega pikaajaline kõhuli püsimine ei takista postduraalset punktsioonipeavalu. Suukaudne kofeiin leevendab ajutiselt, kuid see on lühitoimeline ega kõrvalda peavalu. Kõige tõhusam ravimeetod on epiduraalne vereplaaster. Plaaster paigaldatakse punktsioonijärgselt ja see pakub leevendust kuni 98 protsendile patsientidest, kellel on pärast punktsioonijärgset peavalu.
Tõsised lumbaalpunktsiooni tüsistused hõlmavad mandlite herniatsiooni, koljusisene verejooksu ja infektsioone. Seda tüüpi tüsistused on haruldased. Mõned tüsistused tekivad sagedamini patsientidel, kelle tervis või seisund on kahjustatud. Raskete haigusseisunditega patsientidel on lumbaalpunktsioonide tõttu suurem oht ohtlike tüsistuste tekkeks.
Tserebrospinaalvedeliku proovid võetakse lumbaalpunktsioonist. See vedelik ümbritseb aju ja seljaaju. Vedeliku uurimine võib aidata diagnoosida selliseid haigusi nagu meningiit, hulgiskleroos ja ajuverejooks. Mõnikord tehakse protseduur tserebrospinaalrõhu muutuste kindlakstegemiseks. Rõhu erinevus enne vedeliku eemaldamist ja pärast vedeliku eemaldamist võib aidata diagnoosida ajukasvajat või infektsiooni.
Neuroloogid või muud koolitatud meditsiinitöötajad teevad nimmepunktsioone. Protseduur toimub tavaliselt alaseljal. Arstid puhastavad, steriliseerivad ja mõnikord ka tuimastavad punktsiooniks valitud koha ümbruse. Nad sisestavad nõela selgroolülide vahele ja liiguvad tserebrospinaalvedelikuga täidetud ruumi. Kui vedelik on eemaldatud, eemaldavad arstid nõela ja katavad punktsioon steriilse sidemega.