Kõige levinumad seljaaju stenoosi põhjused on vanusega seotud seisundite tagajärjed, nagu ketta degeneratsioon, osteoartriit ja sidemete paksenemine. Tüüpilised põhjused on ka stress või ebanormaalsed kasvud selgrool ja luuhaigused. Oma osa võib mängida ka pärilikkus. Kõik need probleemid vähendavad seljaaju kanali avatud ruumi ja avaldavad survet närvidele.
Mõned seljaaju stenoosi põhjused tekivad vananemisega seotud seisundite tagajärjel. Nende hulka kuuluvad ketta degeneratsioon, osteoartriit ja sidemete paksenemine. Ketta degeneratsioon tekib siis, kui selgroolülide vaheline polsterdus muudab kuju nii, et need laienevad ja tekitavad punnis, mis avaldab survet seljaajule ja närvijuurtele. Osteoartriit põhjustab selgroolülide vaheliste tahkliigeste halvenemise tõttu lülisamba luude moodustumist, mis laieneb ka lülisamba teistesse piirkondadesse. Aja jooksul võib lülisamba luid ühendavate sidemete paksenemine põhjustada punnitust, mis surub selgroo ja närvide sisse.
Muud seljaaju stenoosi põhjused tulenevad löögist otse selgroole. Suurtest õnnetustest (nt autoõnnetustest ja kukkumistest) saadud vigastused võivad selgroogu joonest välja tõmmata, avaldades seega survet seljaajule. Paljudel juhtudel mõjutab löök ka seljaaju kanalit ja närvilõpmeid.
Spinaalstenoosi põhjuste loetellu võib lisada ka igasuguse lülisamba kasvu. Lülisambal kasvavad vähkkasvajad tekitavad survet ja vähendavad seljaajus ruumi. Fluroos, ülemäärasest fluoriidist põhjustatud seisund, võib põhjustada seljaaju sidemete lupjumist. On ka haigusseisundeid, kus muutused luudes võivad põhjustada ebanormaalseid kasvu või jäikust, mis avaldavad survet seljaajule, näiteks tagumise pikisuunalise sideme luustumine (OPLL) ja difuusne idiopaatiline skeleti hüperostoos (DISH).
On mitmeid haigusi, mis võivad põhjustada seljaaju stenoosi tekkimist. Pageti tõve korral kasvab kehas luukude ebatavaliselt kiiresti, mille tulemuseks on liiga suured luud, mis võivad suruda seljaaju kanalis vabasse ruumi. Lülisamba artriidi vorm, mida nimetatakse anküloseerivaks spondüliidiks, põhjustab turset, mis võib laieneda selgroo teistele piirkondadele.
Mõnel juhul on seljaaju stenoosi põhjused geneetilised. Akondroplaasia on pärilik seisund, mille korral luu kasvab loote staadiumis ebanormaalselt aeglaselt, põhjustades seega kitsa seljaaju kanali ja põhjustades kääbust. On ka selliseid lapsi, kes sünnivad lihtsalt kitsama selgrooga.