Laste migreeni sümptomid võivad migreeni tüübist olenevalt erineda, kuid on palju neid, mis on levinud olenemata tüübist. Põhisümptomid on tuksuv peavalu, õrn peanahk, valgus- ja helitundlikkus ning ärrituvus. Üldiselt avaldub laste migreen neljas faasis – prodroom, aura, peavalu ja postdroom – millest igaühel on oma ainulaadne sümptomite kogum.
Peamine migreeni näitaja lastel on tuksuv või tuikav peavalu pea ees või mõlemal küljel. Peanahk võib samuti olla õrn, eriti piirkonnas, kus peavalu on kõige tugevam. Paljud lapsed tunnevad ka tundlikkust valguse ja helide suhtes. Teised üldtunnused on ärrituvus, kahvatu nahk ja soov pikali heita.
Laste migreeni esimest faasi nimetatakse prodroomiks ehk eelnägelikuks faasiks, mis eelneb migreenihoogudele kuni 24 tundi. Selles faasis olevad lapsed võivad kogeda meeleolumuutusi, nagu ärrituvus, elevus ja depressioon. Nad võivad olla tavalisest jutukamad või sotsiaalselt endassetõmbunud. Samuti võib neil olla suurenenud või vähenenud söögiisu ja janu ning unehäired. Sagedase migreeniga lapsed mõistavad sageli, et midagi on teisiti või valesti, kuid neil võib olla raskusi toimuva täpse selgitamisega.
Teine faas hõlmab aurat, kuigi see juhtub tavaliselt ainult umbes 10–20% lastest, kellel on migreen. See faas esineb vahetult enne peavalu või koos peavaluga ja väga erinevad sümptomid kestavad viis kuni 20 minutit. Selles faasis esinev migreen lastel võib põhjustada visuaalset aurat, mis liigub või muudab kuju. Erinevat tüüpi aurate hulka kuuluvad ähmane nägemine, siksakilised jooned, sädemed või valgussähvatused, mustad täpid ja värvimustrid. Täiendavad sümptomid, mida lapsed võivad kogeda, on muutunud ajataju, unenäolised tunded, tähelepanu kaotus, segasus ja unustamine.
Peavalud tekivad kolmandas faasis ja võivad kesta 30 minutist 48 tunnini, kuigi tavaliselt kestavad need vähem kui neli tundi. Peavaluga kaasneb palju sümptomeid, nagu iiveldus, külmavärinad, anoreksia ja oksendamine, kõhulahtisus ja kõhukinnisus. Täiendavad sümptomid võivad olla tundlikkus valguse, helide ja lõhnade suhtes, samuti mälukaotus ja segasus.
Postdrome, mis on viimane faas, tekib pärast migreenihoo möödumist ja võib kesta tundidest päevadeni. See migreeni neljas faas lastel tekitab tavaliselt kurnatuse ja nõrkuse. Mõningatel juhtudel võivad lapsed aga tunda end elevil ja neil on energialaeng.