Arstid väidavad, et alkoholi ja seedesüsteemi vahel on potentsiaalselt hävitav suhe, kuna alkohol võib kahjustada süljenäärmeid, kahjustada ainevahetust ja piirata söögitoru. Krooniline alkoholitarbimine mitte ainult ei suurenda seedesüsteemi osade vähiriski, vaid võib häirida ka igapäevaseid funktsioone. Seedesüsteem, mis koosneb kogu seedetraktist ja abistavatest kehaosadest, mis aitavad toidul imenduda, koosneb mitmest õrnast elundist, mis on vastuvõtlikud limaskestade ja lihaste kahjustustele, sealhulgas suuõõne, maks, sapipõis ja söögitoru. . Nii peen- ja jämesool kui ka kõhunääre võivad samuti kannatada alkoholi tarvitamisest tulenevate pisarate, polüüpide ja kahjustuste all.
Suuõõs on esimene piirkond, mis on altid alkoholi ja seedesüsteemi vahelise kahjuliku seose kahjustustele. Suus olevad süljenäärmed, eriti kõrvasüljenäärmed, võivad suureneda, takistades sülje tootmist, mis on vajalik toidu piisavaks maitsmiseks ja määrimiseks närimisfaasis – seedimise algfaasis. Alkohol võib ärritada ka keelt ja limaskesti suu sees, põhjustades nende turset. Mõned meditsiiniuuringud on võtnud ka alkoholi üheks hammaste väljalangemise ja igemehaiguste põhjuseks.
Söögitoru talitlushäired on võimalikud alkoholi ja seedesüsteemi pikaajalise kombineerimise tagajärjel. Teadlaste sõnul vähendab kokkupuude alkoholiga söögitoru sulgurlihase lihasjõudu, nõrgendades selle kontraktsioone. Kui see juhtub, võib osaliselt seeditud toit ja kahjustav maohape voolata maost tagasi söögitorusse, põhjustades selliseid sümptomeid nagu kõrvetised; uuringud näitavad, et alkohol võib ohtlikult suurendada maohappe tootmist ja vähendada ka lihaste kontraktsioone. Kõik need mõjud koos võivad aeglustada toidu liikumist läbi seedesüsteemi.
Söögitoru ava võib samuti kuluda ja kitseneda, piirates neelamisvõimet alkoholi ja seedesüsteemi regulaarse sidumise tagajärjel. Isegi kui mao, söögitoru ja soolte füüsiline kude suudab järjepidevast alkoholiga kokkupuutumisest vabaneda, võib alkohol siiski tappa seedetraktis häid baktereid, muutes keha vastuvõtlikumaks pahatahtlikele mikroorganismidele ja haigustele. Hõõrdunud limaskestad võivad põhjustada verejooksu või haavandeid nii söögitorus kui ka maos. Kui verejooks tekib otse mao ja söögitoru ristumiskohas, nimetatakse seda Mallory-Weissi sündroomiks, mis on alkohoolikutel sageli esinev haigus. Gastriit, mis on maomembraani põletik, võib tuleneda ka regulaarsest alkoholitarbimisest.
Pikaajalise ja korduva alkoholiga kokkupuute korral võib vähk tuleneda alkoholi ja seedesüsteemi vahelisest negatiivsest seosest. Valge värvusega vähikahjustused võivad ilmneda üksikult või mitmekordselt keelel, tekitades keele kartsinoomi. Kahjustused või kasvajad võivad ilmneda ka põskede sees või söögitoru, soolte ja mao siseseintel. Arstid hoiatavad, et alkoholi ja seedesüsteemi kombineerimise negatiivsed tagajärjed on kõige tõenäolisemalt mõõdukate kuni rohkete jookide pruukijatel, kuigi vähesel määral alkoholi tarvitajatel võib esineda ka sülje vähenemise ja maohappe suurenemise kergeid tagajärgi.