Ilma kondoomita seksimisel on kaks peamist riski. Kui seks on mehe ja naise vahel, on rasedus vägagi reaalne võimalus. Kõikidel juhtudel suurendab ilma kondoomita seksimine sugulisel teel levivasse haigusesse (STD) nakatumise riski. Kondoomid ei paku täiuslikku kaitset sugulisel teel leviva infektsiooni vastu, kuid nende pakutav kaitse ulatub heast suurepäraseni, olenevalt kõnealusest haigusest. Sugulisel teel levivasse haigusesse nakatumise oht on alati suurem, kui seksite ilma kondoomita.
Kondoom on ennekõike rasestumisvastane vahend ning seks ilma kondoomi või muu rasestumisvastase vahendita võib sageli põhjustada rasedust. Kui latekskondoome õigesti ja järjepidevalt kasutada, on need viljastumise vältimisel väga tõhusad. Tüüpilisel tervel paaril, kes astub suhteliselt regulaarselt seksuaalsuhetesse, on iga kuu keskmiselt 20% tõenäosus rasestuda, mistõttu on terve aasta jooksul peaaegu 100% tõenäosus rasestuda. Kui paar kasutab kondoome õigesti ja järjepidevalt, on rasestumisvõimalus 2–3%, mis on väga märkimisväärne vähenemine.
Teine suur oht seksida ilma kondoomita on sugulisel teel leviva infektsiooni võimalus. Seksuaalse kontakti kaudu võib levida üle kümne erineva nakkuse. Kondoomi kasutamine aitab ära hoida kõiki sugulisel teel levivaid haigusi, kuid on kõige tõhusam HIV/AIDSi leviku tõkestamisel. HIV on väga habras viirus ja levib tavaliselt ainult siis, kui viirust sisaldav kehavedelik satub uude peremeesorganismi, tavaliselt naha purunemisel või kokkupuutel limaskestadega. Õige kondoomi kasutamine on selle leviku ärahoidmisel väga tõhus.
Teised sugulisel teel levivate haiguste liigid on vastupidavamad kui HIV/AIDS ja suudavad uusi peremehi kergemini nakatada. Herpes simplex viirus võib nakatada uut peremeesorganismi lihtsalt kokkupuutel nahaga, nagu ka kondüloomi põhjustav viirus. Seks ilma kondoomita suurendab selliste infektsioonide edasikandumise tõenäosust, kuna rohkem nahka puutub kokku, suurendades infektsiooni edasikandumise tõenäosust. Kondoomi kasutamine ei ole aga seda tüüpi sugulisel teel levivate haiguste edasikandumise ärahoidmisel täiesti tõhus.
Meeste kondoomid on üldiselt tõhusamad suguhaiguste leviku tõkestamisel, kuna need kaitsevad paremini kehavedelike edasikandumise ja infektsioonide vastu kui naiste kondoomid. Naiste kondoomid on aga väga tõhusad raseduse vältimisel. Mõlemat tüüpi kondoomid võivad puruneda, enamasti siis, kui seda kasutatakse valesti, kuid see risk on väike ning ilma kondoomita seksimisega kaasnevad riskid on palju suuremad ja tõsisemad.