Üks peamisi gluteenitalumatuse tunnuseid lastel on kõhuvalu, mille tagajärjeks on sageli söögiisu ja oksendamine. Sellised sümptomid põhjustavad sageli ebaõnnestumist õigel kiirusel. Lisaks võib füüsiline ebamugavustunne põhjustada teatud käitumisprobleeme, nagu ärrituvus, väsimus ja depressioon. Gluteenitalumatuse sümptomeid lastel ei täheldata tavaliselt enne, kui nad on piisavalt vanad, et hakata sööma seda valku sisaldavaid toite, nagu leib, pehme juust, teraviljad, koogid, kondiitritooted, pasta ja töödeldud liha, kui nimetada mõnda toodet.
Laste tundlikkust gluteeni suhtes, mis on nisus, odras, rukkis ja kaeras leiduv valk, ei tuvastata alati, sest vanemad ei pruugi sümptomeid märgata. Laste gluteenitalumatuse peamiste näitajate hulgas on ebamugavustunne soolestikus. Söögiisu vähenemine on veel üks märk, mis on tõenäoliselt tingitud kõhukrampide ja valu olemasolust, mis muudab isegi söömisele mõtlemise raskeks. Oksendamine esineb sageli isegi siis, kui laps tegelikult sööb. Kõhulahtisus, gaasid ja kõhukinnisus on muud maoprobleemid, mis sageli tekivad gluteenitalumatusega lastel. Tegelikult võivad gluteenitalumatusega lastel esineda kõrvetised, ärritunud soole sündroom, happe refluks ja rektaalne verejooks, mistõttu on mõistlik neid probleeme põhjustavaid toite vältida.
See ebamugavustunne kõhus põhjustab sageli kehakaalu langust või vähemalt suutmatust korralikult kaalus juurde võtta. Paistes kõht koos ebatavaliselt õhukeste jalgade ja kätega võib sageli olla laste gluteenitalumatuse tunnuseks. Selle põhjuseks on asjaolu, et nad ei suuda toitaineid õigesti omastada ja tunnevad end tavaliselt nii sageli haigena, et nad ei söö nii palju või nii sageli kui peaks. Sageli hilineb puberteet aastaid ka gluteenitalumatusega lastel, kuna nad ei saa palju süüa nendel aastatel, mil nad peaksid kõige rohkem kasvama.
Nii palju füüsilist ebamugavust ja võimetust kasvada võib sageli põhjustada mõjutatud laste käitumismuutusi. Ärrituvus, väsimus, meeleolumuutused ja depressioon esinevad sageli lastel, kes ei suuda gluteenitalumatuse tõttu toitaineid korralikult omastada. Peavalud, aneemia ja liigesevalu ei muuda tavaliselt tuju paremaks. Lisaks kannatavad selle probleemiga lapsed tavaliselt muude väiksemate, kuid valusate meditsiiniliste probleemide all, nagu suuhaavandid, ekseem nahal ja hambaprobleemid. Selliseid sümptomeid on oodata ja need aitavad tavaliselt kaasa käitumismuutustele, kuni lapsel diagnoositakse gluteenitalumatus ja ta lõikab lõpuks välja toidud, mis probleemi põhjustavad.