Juhtimisarvestussüsteemid keskenduvad ettevõttes kaupade ja teenuste tootmisega seotud kulude jälgimisele. Mõned levinumad süsteemid hõlmavad traditsioonilist kuluarvestust, säästvat arvestust, läbilaskevõime arvestust ja siirdehindu. Kõik need juhtimisarvestussüsteemid pakuvad ettevõtetele erinevat meetodit kulude jälgimiseks, et toota kaupu ja teenuseid võimalikult madalate kuludega. Mis tahes süsteemi mittejärgimine võib kaasa tuua ülehinnatud kaubad ja madalamad brutomarginaalid.
Traditsioonilised juhtimisarvestussüsteemid jälgivad kulusid töötellimuse või protsessi kuluarvestuse meetodite abil. Kõik need ja teised meetodid määravad kindlaks, kuidas ettevõte jaotab otseste materjalide, otsese tööjõu ja tootmise üldkuludega seotud kulud. Töötellimuse kuluarvestust kasutatakse suurte projektide puhul, kus kõik kulud on üksikutele projektidele hõlpsasti jälgitavad. Protsessi kuluarvestus jaotab kulud homogeensete kaupade tootmiseks kasutatud protsesside arvu alusel. Need kaubad läbivad pideva protsessi ja neid on raske eraldi maksta.
Lean raamatupidamine on juhtimisarvestuse süsteemide seisukohalt revolutsioonilisem tehnika. Selle asemel, et keskenduda ainult kuludele, on säästlik raamatupidamine meetod, mis esitab strateegia kulude vähendamiseks jäätmete kõrvaldamise kaudu. Selle süsteemi raamatupidajad pakuvad peaaegu kohest finantsteavet otsuste tegemiseks, väärtusvoogude hindamiseks ja kasumlikkuse mõõtmiseks. Kõik üleliigsed kulud võivad selle teabe põhjal olla raiskamine ja süsteemist välja lõigatud.
Traditsioonilistes juhtimisarvestussüsteemides ei peeta läbilaskearvestust tavaliselt kuluarvestusprotsessiks. Raamatupidajad keskenduvad ettevõtte tootmissüsteemis esinevate piirangute tuvastamisele. Piirangute hulka kuulub ebapiisav materjalide, tööjõu või tootmisvõimsuse tase ettevõtte rajatistest. Nende piirangute vähendamine võimaldab suurendada tootlikkust, et suurendada tootmismahtu, alandades seeläbi iga üksiku toodetud ühiku maksumust. Enamikul juhtudel võib see meetod töötada traditsiooniliste töötellimuste või protsesside kuluarvestussüsteemidega.
Siirdehinnad on teine levinud juhtimisarvestussüsteem. Selle meetodi kohaselt maksavad ettevõtted kaupu, kui nad liiguvad läbi erinevate osakondade. Iga üksus kantakse üle erinevatesse osakondadesse või protsessidesse, kusjuures igaüks lisab tootele väikese osa kuludest.
Siirdehinnale lisanduvad ühiskulud sisaldavad muutuvkulusid ja alternatiivkulusid. Alternatiivsed kulud esindavad rahasummat, mis kuluks ettevõttele tootmise allhanke korras väljastpoolt. Saadaval on ka muud siirdehindade meetodid. Siirdehindade paindlikkust peetakse sageli selle süsteemi eeliseks.