Tšeki töötlemise toimimiseks toimub tavaliselt mitu eraldi tehingut. Protsessi esimene samm on siis, kui arvelduskontol nimetatud isik või üksus on tšeki volitanud. Arvelduskontot haldav pank kinnitab tavaliselt tšeki panga marsruutimise numbri, arvelduskonto numbri ja isiku või üksuse esitatud tšeki summa. Pärast tšeki kontrollimist edastab maksete töötlemise ettevõte raha kaupmehe ettevõtte kontole. Kuigi mõnel kaupmehel on oma tšekitöötlussüsteemid, otsustavad mõned tehingu algusest lõpuni hõlbustamiseks kasutada kolmanda osapoole süsteemi.
Tavaliselt teeb isik või juriidiline isik tšekiga makse ühel kolmest viisist. Kui tehing tehakse isiklikult, kasutab klient pabertšekki, mida kaupluse müüja kohapeal töötleb. Mõnes olukorras valivad kliendid tšekimaksete saatmise posti teel, kusjuures tehinguprotsess toimib samamoodi nagu makse isiklikult vastuvõtmisel. Teine võimalus tšekiga tehingu eest tasumiseks on veebitehing, kus ostusumma vormistatakse kontolt marsruutimise ja kontonumbrite kontrollimise alusel.
Protsess on peaaegu sama, kas tšekiga maksmine toimub isiklikult, posti teel või Internetis. Panga suunamise number, arvelduskonto number ja ostusumma läbivad elektroonilise süsteemi. Tavaliselt kantakse maksetehing kliendi pangakonto väljavõttele tšeki numbri või identifitseerimiskoodiga, mis näitab, et elektroonilise tšeki makse sooritati.
Tšeki töötlemiseks kuluv aeg võib erineda olenevalt muutujatest, nagu kaupmees, pangaasutus ja töötlemistehingu keerukus. Tšeki töötlemise tehing viiakse kliendi kontol tavaliselt lõpule ühe kuni kolme päeva jooksul. See protsess võib aga kaupmehe ja kolmanda osapoole süsteemi vahel võtta kauem aega.
Tšekkide töötlemise protseduur sõltub tavaliselt tšekkide töötlemise süsteemi keerukusest. Mõnikord töödeldakse maksesummat kohe. Muudel juhtudel võib töötlev ettevõte raha kinni pidada kuni maksetehingu lõpuni. Teiste süsteemide puhul, mis ei töötle tehingut kohe ega hoia raha kinni, võib protsessi lõpuleviimiseks kuluda kuni kolm päeva.
Pank võib makse lubada või keelata. See võib sõltuda panga ja kliendi vahel sõlmitud finantslepingutest. Kui kliendil ja pangal ei ole maksete katmiseks eelkokkulepet, võib ebapiisavate rahaliste vahendite korral tekkida deebet kaupmehelt. Tavaliselt nõuab maksete töötlemise ettevõte kaupmehelt tagastatud kauba eest tasu.
Mõnel kliendil võib olla arvelduskrediidi kaitse, mis volitab panka makse kinnitama, kuigi kontol pole piisavalt raha. Üldjuhul kantakse summa katteks raha üle eraldi kontolt koos täiendavate töötlemistasudega. Tšeki töötlemise meetod tavaliselt ei muutu kolmanda osapoole süsteemi vaatenurgast.