Automatiseeritud kauplemistarkvara saab klassifitseerida vastavalt turule, millega ta kaubeldakse, või kasutaja tüübi järgi. Üldised turutüübid on aktsiad, kaubad ja valuuta. Kasutajad on kas üksikud kauplejad või suured kauplemisfondid. Üksikud kauplejad kasutavad sageli jaemüügitarkvara ja fondid töötavad ise välja.
Fondid kauplevad aktsiate, valuuta ja kaupade futuuridega, kasutades algoritme, mille nad on välja töötanud ja oma automatiseeritud kauplemistarkvarasse lisanud. Nende algoritmide täpne mehaanika on hoolikalt kaitstud. Aktsiakauplemisfondid kasutavad sageli niinimetatud impulsi algoritme, mida sageli kombineeritakse paarikauplemisega. Momentumi algoritmid kasutavad ära lühiajalisi ja suuri hinnamuutusi. Paarkauplemine tähendab kahe aktsia valimist samast sektorist, seejärel tugevama ostmist ja nõrgema lühikeseks võtmist.
Valuutakauplemisfondid on võimelised kasutama algoritme, mis põhinevad hinna ja volatiilsuse suurenemise tuvastamisel ühes suunas. Valuutaturu hinnajaotusomadused võimaldavad sellisel lähenemisel olla edukas, samas kui aktsiakaubanduses on see marginaalne. Momentum-kauplemist kasutatakse mõnes automatiseeritud kauplemistarkvaras, mida fondid kasutavad teraviljafutuuride kauplemiseks. Vähemalt üks fond kasutab börsifutuuride kauplemiseks vedeliku dünaamika füüsikat.
Jaemüügitarkvara seevastu kipub pakkuma arvutiekraanil ilusat välimust koos võimalusega esitada ekraaninupu vajutamisega samaaegselt mitu tellimust ja väita, et see on “automaatne” kauplemistarkvara. Kaupleja peab endiselt turgu jälgima, otsustama, millised aktsiad, futuurid või valuutad kuuluvad tema nupuga kaubeldavasse korvi, ja seejärel otsustama, millal tehingusse siseneda. Mõni jaemüügitarkvara pakub kodeerimisliidest, mida kaupleja saab kasutada oma algoritmide kirjutamiseks ja testimiseks.
Teist erinevat jaemüügi automatiseeritud kauplemistarkvara nimetatakse musta kasti kauplemiseks. Tarkvara kasutatavaid algoritme ostjale ei avaldata ning sageli ei anta talle sobivat võimalust testida, kas tarkvara on ka reaalselt kasumlik. Ostjatel palutakse nõustuda sellega, et tarkvara on olnud kasumlik nii minevikus kui ka tulevikus. Aktsiate, toormefutuuride ja valuutaga kauplemiseks pakutakse Black-boxi kauplemissüsteeme.
Automatiseeritud kauplemistarkvara kasutavad fondid testivad seda põhjalikult. Nad kasutavad nii alglaadimis- kui ka Monte Carlo testimist, et näha, kas süsteem on laboris kasumlik. Kui nad leiavad algoritme, mis nende testimisrežiimis õnnestuvad, testivad nad seda reaalajas. Fondi loodud tarkvara kontrollib kõiki kauplemise aspekte: määrab, kui palju kaubelda, millega kaubelda ja millal kaubelda, ning esitab korraldused otse börsile. Üksikkaupleja peab järgima fondide testimisstrateegiat, et tal oleks mõistlikud väljavaated kasumlikult kaubelda.