Atkinsi dieet on aastate jooksul saanud nii tugeva toetuse kui ka tugeva vastuseisu. Osa vastuseisust tuleneb ebameeldivatest kõrvalmõjudest, mida kogevad dieeti proovinud inimesed. Mõned levinumad Atkinsi dieedi kõrvaltoimed on peavalud, väsimus ja jalakrambid. Dieedi toetajad väidavad, et need dieedi negatiivsed kõrvalmõjud ei kesta üldiselt kuigi kaua ja mõnikord kaaluvad need üles Atkinsi dieedi positiivsed kõrvalmõjud, nagu energia suurenemine.
Atkinsi dieedi väljatöötajad tunnistavad, et tavaliselt dieedi sissejuhatavas faasis, mis on kuulus piirav algusfaas, kogevad mõned inimesed peavalu, valulikke lihaseid ja väsimust. Nad omistavad need ajutised Atkinsi dieedi kõrvalmõjud nähtusele, mida nimetatakse “süsivesikute ärajätuks”. Kõhukinnisus on samuti tavaline mure, mis on tõenäoliselt tingitud kiuliste köögiviljade vähesest tarbimisest. Nad soovitavad kasutada induktsioonifaasis kiuasendajaid, kui kõhukinnisus muutub häirivaks.
Lühiajalised Atkinsi dieedi kõrvalmõjud, mille üle dieedipidajad ise kõige sagedamini kurdavad, hõlmavad kõiki Atkinsi ametlikult tunnustatud kõrvalnähte, millele lisandub halb hingeõhk, füüsilise ja vaimse energia ja vastupidavuse puudumine ning lihaste kadu. Jalakrambid ja peapööritus on samuti üsna levinud mured, mis võivad olla piisavalt murettekitavad, et mõned dieedipidajad lõpetavad dieedi lõpetamise. Halba hingeõhku seostatakse sageli ebameeldiva lõhnaga ketoonide eritumisega ning füüsilise ja vaimse energia vähenemine on seletatav sellega, et keha ja eriti aju eelistab põletada süsivesikuid, et kütus kõige tõhusamalt toimiks. Hoolimata asjaolust, et Atkinsi väitel taandub enamik neist kõrvalnähtudest pärast esialgset induktsioonifaasi, avastavad paljud dieedipidajad, et mõned ebameeldivad kõrvalnähud püsivad kogu dieedi jooksul või ei suuda nad kõrvalnähte piisavalt kaua taluda, et kontrollida, kas probleemid kaovad lõpuks.
Mõned dieedipidajad jäävad dieedile siiski pikaks ajaks ja neil on rohkem positiivseid kõrvalmõjusid kui negatiivseid. Regulaarselt viidatud positiivsed mõjud hõlmavad pigem suurenenud kui vähenenud energiat ja madalamat vererõhku. Mõnel inimesel võivad Atkinsi-sõbralikes toitudes sisalduvate vitamiinide ja mineraalainete sisaldus piiratud koguses põhjustada pikaajalisi negatiivseid kõrvalmõjusid. Lisaks väljendavad paljud dieedi kriitikud muret selle pärast, kui palju loomseid rasvu ja valke selle dieedi puhul süüakse loomsetest allikatest, mitte taimsetest allikatest, mida peetakse südamele tervislikumaks. Teaduslikud tõendid Atkinsi dieedi pikaajalise kasu või riskide kohta tervisele on mõnevõrra vastuolulised ja võivad hõlmata kõike alates paranenud tervisest ja elukvaliteedist kuni palju suurema südamehaiguste riskini.