Puhtal kujul ei sisalda kinoa gluteeni. Kinoatoodetes võib siiski olla gluteeni. Inimesed, kellel on gluteenitundlikkus ja ilma selleta, võivad seemnele siiski negatiivselt reageerida, mis võib sõltuda selle valmistamise viisist või mitte. Siiski on paljude inimeste jaoks hea alternatiiv traditsiooniliste gluteeni sisaldavate toitude asendamine kinoaga, eriti kui see asendamine toimub juhitavas tempos.
Osaliselt seetõttu, et kinoa ei sisalda gluteeni, on seda kasutatud paljudes gluteeniallergiate või tundlike inimeste toitudes. Tarbijad peavad olema nende toodete ostmisel ettevaatlikud, kuna praegu on turul palju toite, mis sisaldavad seemneid, kuid ei ole gluteenivabad. Inimesed peaksid kontrollima pakendeid, et teha kindlaks, kas tootel on märgitud gluteenivaba. Äärmuslike allergiatega inimesed peaksid lugema ka toodete valmistamise kohta, et olla kindlad, et ettevõtted ei kasuta seadmeid, mis puutuvad kokku gluteeniga.
Isegi pärast põhjalikku kontrollimist, et veenduda, et see pole gluteeniga saastunud, võivad mõned inimesed kinoale siiski reageerida. Kõrvaltoimete kohta on teatatud lööve, äärmuslik maoärritus ja nõrkustunne. Maoärritus võib aeg-ajalt tekkida, kui inimesed ei valmista seemet korralikult ette. See on kaetud mõru kattega, mis tuleb enne küpsetamist põhjalikult maha pesta. Kui seda katet jääb peale liiga palju, võivad inimestel tekkida kõhuhädad, kuigi kinoas ei ole gluteeni.
Paljud inimesed on nendest võimalikest lõksudest juba teadlikud ja ostavad koos sellega eelnevalt pestud kinoat või gluteenivabu toite. Mõned võivad ikka veel leida, et nad reageerivad kinoale negatiivselt. Mõnes mõttes pole see üllatav, sest enamik toiduaineid põhjustab mõnele inimesele ebameeldivaid kõrvalmõjusid. Kuna seeme on hiljutine sissejuhatus paljudele läänemaistele dieetidele, on liiga vara öelda, kui sageli need reaktsioonid esinevad ja millist protsenti elanikkonnast see võib mõjutada. Kõrvaltoimed ei piirdu kindlasti ainult gluteenitalumatusega inimestega ja neid on esinenud paljudel inimestel, kes ei ole teatanud varasemast toiduallergiast.
Kuna kinoas ei ole gluteeni, on selle suure kiudainesisalduse tõttu võimalik veel üks seletus kõhuhädade kohta pärast selle söömist. Kui inimesed lähevad järsku üle kleepuvamate terade asemel kinoale, võivad nad tarbida tavapärasest rohkem kiudaineid. See võib mõnikord põhjustada seedetrakti väga kiiret tööd.
Kiired muudatused dieedis võivad põhjustada puhitus, gaaside teket ja kõhulahtisust, mida võidakse valesti tõlgendada kui gluteenitundlikkust või allergiat. Selle reaktsiooni vältimiseks peaksid inimesed alustama toidukiudude tarbimist aeglaselt, suurendades järk-järgult kiudainerikkaid toite, kui nende keha talub paremini. Keskmine kiudainevaene sööja, kes ei suuda vastu panna kinoamuffinite virna tarbimisele, võib seda valikut tagantjärele kahetseda.