Paljud dieedipidajad on teatanud seosest Atkinsi dieedi ja kõhukinnisuse vahel, eriti kui nad on dieedi induktsioonifaasis. See faas kestab umbes kaks nädalat ja seda iseloomustab väga madal süsivesikute tarbimine. Igasugune toitumisharjumuste muutus võib kaasa tuua selliseid probleeme nagu kõhukinnisus, kuid kuna keha harjub muutustega ja pärast induktsioonifaasi on lubatud rohkem toite, ei ole kõhukinnisuse probleem nii levinud. Atkinsi dieedi ajal tuleb järgida strateegiaid ja kõhukinnisus peaks mõne päeva või nädala pärast iseenesest taanduma.
Kõhukinnisus on paljude madala süsivesikute sisaldusega dieedi sagedane kõrvalmõju. Üks Atkinsi dieedi kriitika on see, et sissejuhatavas faasis tarbivad dieedipidajad vähem kui 7% minimaalsest päevasest kiudainete tarbimisest. Kõrgele valgusisaldusele keskendumine võib samuti süvendada seost Atkinsi dieedi ja kõhukinnisuse vahel, kuna suur liha ja juustu tarbimine võib põhjustada soolestiku ebaregulaarsust.
Jääkainetest vabanemiseks peab kehas olema kiudaineid. Puuviljad, köögiviljad ja täisteratooted, nagu leib ja teraviljad, on keskmise tervisliku toitumise tavalised kiudainete allikad. Soovitatav 21 grammi kiudaineid päevas võib olla üsna raske tarbida madala süsivesikute sisaldusega dieedil, nagu Atkinsi dieet, ja üsna sageli on tagajärjeks kõhukinnisus. Mõnel juhul võib probleem muutuda nii tõsiseks, et vajada arstiabi.
Kõhukinnisuse vältimiseks dieedi ajal on vaja juua kaheksa klaasi vett, kuna veepuudus on kõhukinnisuse peamine põhjus. Kui sellel ei ole mingit mõju, võib abi olla täiendavate kiudainete, näiteks linaseemnete või nisukliide tarbimisest. Salatid ja köögiviljad, eriti rohelised lehtköögiviljad, nagu spinat, kapsas ja spargelkapsas, on dieedis täiesti vastuvõetavad piiramatus koguses, nii et kui need on osa enamikust toidukordadest, suureneb kiudainete tarbimine. Füüsilise koormuse suurendamine peaks aitama ka kõhukinnisust ravida Atkinsi dieedi ajal. Kiudainete lisamist soovitatakse eriti Atkinsi dieedi 1. faasis ehk induktsioonifaasis, et tasakaalustada vähese kiudainesisaldusega valkude söömise mõju.
Muud Atkinsi dieedi kõrvalmõjud on väsimus, pearinglus, peavalud ja nõrkus ning need on peamiselt tingitud süsivesikute hulga drastilisest vähendamisest dieedi varases faasis. Atkinsi dieet on aja jooksul muutunud ja selle lähenemisviisi on mõnevõrra leevendatud, et lahendada muresid ja teatatud kõrvaltoimetest. Enne selle või mõne muu dieedi alustamist on soovitatav konsulteerida arstiga, eriti kui esineb tervisemure.