Paljud inimesed peavad vesinikmootoreid suurepäraseks alternatiiviks fossiilkütustel töötavatele mootoritele. Vesinikmootoreid on kahte tüüpi ja need põhinevad erinevatel võimsuspõhimõtetel. Vesinikpõlemismootorid töötavad sarnaselt naftat põletavatele sisepõlemismootoritele. Vesinikkütuseelemendiga mootor töötab vesiniku ja hapniku segamisel, tekitades keemilise reaktsiooni käigus elektrit.
Vesinikpõlemismootorid on täpselt nagu teised sisepõlemismootorid, välja arvatud see, et nad kasutavad fossiilkütuse asemel vesinikku, mistõttu on lihtne muuta tootmisprotsess naftapõletitelt vesinikmootoriteks. Need vesinikmootorid põletavad kolvide liigutamiseks ja energia tootmiseks vedelat vesinikku. Vesinik annab palju energiat ilma kahjulikke heitgaase tekitamata.
Siiski on vesiniku sisepõlemismootoril mõned piirangud, mis muudavad selle ebapraktiliseks. Selleks, et kütus oleks kasulik, tuleb vesinikku säilitada vedelal kujul, mis nõuab jahutamist äärmiselt madalale temperatuurile. Nii madalad temperatuurid põhjustavad pinget ja pragunemist mitte ainult kütusepaagis, vaid ka mis tahes ümbritsevas konstruktsioonis. Sõiduki isoleerimine ja tugevdamine, et see taluks neid temperatuure, tõstab tootmiskulud ülemäära kõrgele.
Selle mudeli alternatiiviks on kütuseelemendi mudel. Vesinik ja hapnik segunevad kütuseelemendi sees, moodustades koos vee. See keemiline reaktsioon vabastab ka elektrit, mida saab salvestada ja kasutada mootori toiteks. Vesi on ainus selle mootori tekitatav heitgaas, mistõttu on see hea võimalus õhusaaste vähendamiseks.
Kütuseelemendi sees läbib kokkusurutud vesinikgaas läbi plaatinaga kaetud katalüsaatori, kus elektronid tõmmatakse ära, tekitades elektrit ja tekitades positiivseid vesinikuioone. Katoodi kaudu rakku süstitud hapnik seostub ioonidega, tekitades vett. Seejärel saab selle vee heitgaasina välja lasta. Ühest kütuseelemendist toodetud energiast ei piisa sõiduki toiteks, kuid piisava energia saamiseks võiks ühendada mitu elementi.
Kütuseelemendiga vesinikmootoritel on ka piirangud. Need on erakordselt haprad ja ei pruugi olla piisavalt vastupidavad, et sõidukis kasutada. Nende konstruktsioonides kasutatakse kalleid komponente ja väärismetalle, näiteks plaatinat, mis suurendab tootmiskulusid.
Kütuseelemendid võivad ka külmuda, eriti enne käivitamist. Pärast vesinikumootori töötamist tekib keemilise protsessi käigus piisavalt soojust, et vältida rakkude külmumist. Need ei tooda aga nii palju soojust kui sisepõlemismootorid ja kütuseelemendimootorite soojenemine võtab tunduvalt kauem aega.