Geneetiliselt muundatud põllukultuurid on põllumajandussaadused, mille DNA-d on manipuleeritud, et anda neile teatud tunnused, nagu resistentsus haiguste, kahjurite või herbitsiidide suhtes. Toidukultuuridel võib olla ka muid soovitavaid omadusi, nagu kiirem küpsemine või suurem toiteväärtus. Toidu geneetilise muundamise üle arutatakse tuliselt. Rohkem kui 40 riigis, sealhulgas Euroopa Liidus, on ranged piirangud geneetiliselt muundatud toidule ja loomasöödale, samas kui teised riigid, sealhulgas Saudi Araabia, Sri Lanka ja Alžeeria, on geneetiliselt muundatud põllukultuuride impordi ja kasvatamise täielikult keelanud.
Traditsiooniline toidukultuuride aretamine hõlmab heade omadustega taimede valimist, nagu parem maitse, saagikus või haiguskindlus, ning nende aretamist, et luua nende omadustega kultivarid. Kui põllukultuure muudetakse geneetiliselt, sisestatakse ühe organismi geenid biotehnoloogilisi meetodeid kasutades teise organismi. Näiteks saab maisi muuta teatud putukate suhtes resistentseks, sisestades nendele putukatele mürgiste mullas levivate bakterite geene. Geene saab muuta ka nende pärssimiseks.
Biotehnoloogiaettevõtted väidavad, et geneetiliselt muundatud põllukultuurid suurendavad toidutootmist ja kaitsevad maailma ülemaailmse toiduga kindlustatuse kriisi eest. Nad väidavad, et need põllukultuurid vähendavad pestitsiidide kasutamist, kuna neid ei ole vaja putukate, haiguste ja kahjulike umbrohtude vastu piserdada. Mitte ainult ei saa suurendada toidukultuuride saaki, vaid saab parandada ka toidu toiteväärtust, samuti maitset ja kvaliteeti.
Keskkonnakaitsjad, teadlased, arstid ja põllumehed väidavad, et selle tagajärjed inimestele, põllumajandusele ja globaalsele ökoloogiale on seni teadmata. Geneetiliselt muundatud põllukultuuride vastased juhivad tähelepanu sellele, et maailmas on toitu küllaga ning näljahäda põhjustavad poliitilised ja majanduslikud jõud. Mõned umbrohud ja muud kahjurid on muutumas pestitsiidide suhtes resistentseks, nõudes nende suuremat kasutamist ning muudetud taimede õietolm võib saastada looduslikke toidukultuure. Maailma Terviseorganisatsioon hoiatab, et geneetiliselt muundatud toidus võib tekkida valke, mis põhjustavad uusi toiduallergiaid ja antibiootikumiresistentsust.
Põllumajanduse bioloogilist mitmekesisust ohustab geneetiliselt muundatud seemnete suurem kasutamine, mis suurendab tõenäosust, et põllukultuurid ei suuda haigustele ja kahjuritele vastu seista. USA põllumajandusministeerium teatab, et 2009. aastal on 88 protsenti USA-s kasvatatud puuvillast, 91 protsenti sojaubadest ja 85 protsenti maisist geneetiliselt muundatud. Neid seemneid tootvatel ettevõtetel on neile patendid, mis annavad neile tööstusharudele kontrolli kuni 75 protsendi üle kogu USA-s müüdavast töödeldud toidust.