Täistera muffinid sisaldavad mitmesuguseid täisteratooteid, nagu nisu või kaer, kuid sisaldavad koostisosi, nagu puuviljad, püreestatud kõrvits, šokolaad või rosinad. Täisterast valmistatud hommikusöögimuffinid sisaldavad tavaliselt valtsitud kaera ja mõnda aega purustatud puuvilju, näiteks banaane või maasikaid. Erinevad täistera tüübid on rukis, oder ja sorgo, aga ka tatar, kinoa ja muud gluteenivabad täistera. Kuna täistera muffineid peetakse tavaliselt tervislikumaks alternatiiviks valgest jahust kolleegidele, propageerivad toitumisspetsialistid ja arstid paljusid täisterast valmistatud muffineid nende kiudainete sisalduse tõttu.
Täisteratoodetest valmistatud muffinite puhul kasutatakse sageli peamise koostisosana täistera nisujahu, lisades erinevaid koostisosi, näiteks kuivatatud või värskeid puuvilju ja maitseaineid. Kõrvitsa täistera muffineid valmistatakse tavaliselt nii nisujahust kui ka püreestatud kõrvitsast, kaneelist ja ingverist ning neid valmistatakse sageli sügiskuudel. Kõrvitsamuffinite gluteenivabades versioonides võib siiski kasutada täisteratooteid, asendades nisujahu gluteenivaba täisterajahu või -jahuga. Kinoajahu ja sorgojahu on kaks näidet täisterajahudest, mida saab hõlpsasti kasutada mis tahes gluteenivaba täistera muffini retseptis.
Populaarsed on ka õuna täistera muffinid, mis sisaldavad tavaliselt värskeid õunalõike, kaneeli ja muskaatpähklit, aga ka pruuni suhkru murenemist. Seda muffinit võib serveerida kohvi või tee kõrvale ning see on ka populaarne küpsetis, mida tarbitakse hommikusöögi ajal või söögikordade vahel vahepalaks. Banaanipähklimuffineid valmistatakse tavaliselt täisteratoodetest, nagu valtsitud kaer ja täistera nisujahu, ning need on oma magusa ja täidlase tekstuuriga hommikusöögimuffinidena väga levinud. Enamasti ei sisalda enamik täistera muffineid glasuuri nagu koogikesi ja on tihedamad, mis muudab need suurepäraseks toidukorra asendajaks.
Täisteratoodetest valmistatud mustikamuffinites kasutatakse tavaliselt täistera nisujahu või täistera gluteenivaba jahu koos tumepruuni suhkru ja värskete või külmutatud mustikatega. Seda tüüpi muffinid on populaarsed suupistetena ja neid valmistatakse tavaliselt soojadel suvekuudel. Kuna täisteratooted sisaldavad märkimisväärses koguses kiudaineid ja muid toitaineid, soovitavad enamik toitumisspetsialiste täistera muffineid oma valgest jahust kolleegidele. Kuigi neid peetakse tervislikumaks, võivad täisterast valmistatud muffinid siiski sisaldada suures koguses suhkrut, mistõttu on oluline jälgida suhkrusisaldust ja tarbida mõõdukalt.