Fagott ja oboe on mõlemad kahe pillirooga puupuhkpillid, kuid neil on mitmeid olulisi erinevusi, mis neid üksteisest eristavad. Mõned erinevused, mis kaht instrumenti vaadates kohe silma hakkavad, on nende suurus, kuju ja huuliku paigutus. Fagottil ja oboel on ka erinevad helid, kusjuures fagott mängib palju madalamas registris kui oboe. Kuigi mõlema pilli tudengiversioonid on sageli valmistatud vastupidavast vaikplastist, on kogenud muusikutele mõeldud kvaliteetsemad mudelid erinevat tüüpi puidust. Samuti on kahe instrumendi võtmesüsteemid ja nende hoidmise viis väga erinevad.
Kõrvuti uurides tulevad kohe silma mitmed erinevused fagoti ja oboe vahel. Iga pilli üldine välimus on omanäoline. Fagott on palju suurem kui oboe ja see on valmistatud umbes 7–8 jala (umbes 2.13–2.44 meetrit) pikkusest torust, mis on painutatud ebaühtlase U-kujuliseks. Lühem ja kitsam külg on koht, kus konksuga huulik on kinnitatud umbes poole instrumendi pikkuse ulatuses; teine ots on palju laiem ja ulatub huulikust kaugemale. Oboe on valmistatud ühest sirgest torust, mis laieneb allosas kergelt kellukese kujul, ning selle ülaosas on huulik ja pilliroog.
Nii fagott kui ka oboe tekitavad heli, kui muusik puhub õhku kahekordsesse pilliroo sisse, põhjustades vibratsiooni, mis resoneerib toru sees. Igal instrumendil on kindel heli ja ulatus. Fagott on võimeline mängima väga madalas registris, kõige madalama heliga puupuhkpillide perekonnast, välja arvatud suurem kontrafagott. Oboe on võimeline mängima kõrgemaid noote ja selle kõla on võrreldud pardi omaga, väga selge tooniga, mida on lihtne teiste orkestri instrumentide seast eristada. Mõlemad instrumendid on tuntud oma väljendusrikkuse poolest.
Mõlema instrumendi õpilastele mõeldud versioonid on tavaliselt valmistatud vaiguplastikust, kuna see on vastupidav. Kvaliteetsema pilli valivad tavaliselt kogenumad muusikud. Fagott ja oboe on tavaliselt valmistatud erinevat tüüpi puidust. Fagott on sageli valmistatud vahtrast, kuigi seda saab ehitada ka teistest keskmise kõvadusega puiduliikidest. Oboe on enamasti valmistatud puidust, mida tuntakse Aafrika mustpuu või grenadillina.
Igal instrumendil on erinev võtmesüsteem. Klahve kasutatakse koos sõrmedega, et katta instrumendi torus olevad augud, et luua konkreetseid noote. Fagotil on vähem klahve, samas kui oboel on suhteliselt palju klahve, umbes 45 keerukat klahvikombinatsiooni.
Ka fagotti ja oboed peetakse erinevalt. Tänu oma suurusele hoitakse fagotti muusiku küljel, sageli on sellele lisatud tugi, näiteks tool või kaelarihm. Tavaliselt suudab muusik oboed oma keha ees hoida, kuna see on palju väiksem.