Koerte agressioonil võib olla meditsiiniline alus. Meditsiiniliselt esilekutsutud agressioon võib põhjustada urisemist, napsutamist, hammaste näitamist ja keha asetamist domineerivasse asendisse. Koerte agressiooni meditsiinilised põhjused hõlmavad hüpotüreoidismi, hüpoglükeemiat ja ajupõletikku.
Ajupõletik, mis esineb sellistes tingimustes nagu entsefaliit, on koerte üks tõsisemaid meditsiinilisi agressiooni põhjuseid. Marutaud ja katk on mõlemad viirusliku entsefaliidi tüübid. Ajupõletiku korral, mis on põhjustatud sellistest haigustest nagu entsefaliit, on agressiivsus tavaliselt neuroloogiline reaktsioon põletiku mõjule ajule.
Hüpoglükeemia ehk madal veresuhkur on veel üks võimalik agressiivsuse põhjus ja võib, kuid ei pruugi olla seotud diabeediga. Madala veresuhkruga koerad võivad tunda end desorienteeritud ja kummalisena. Kui nad tunnevad end haavatavana, võivad nad käituda agressiivselt, et vältida nõrgana näimist. Madala veresuhkruga koerad võivad näida jõllitava pilguga klaasistunud silmadega. Võib tekkida nõrkus või kollaps. Loomaarst võib hüpoglükeemia diagnoosimiseks teha lihtsa vereanalüüsi.
Hüpotüreoidism on koerte üks levinumaid meditsiinilisi agressiooni põhjuseid. Väga madal kilpnäärme tase mõjutab meeleolu. Kilpnäärme asendusravi on mõnel juhul vähendanud hüpotüreoidismiga koerte agressiivsust. Kaalutõus, letargia ja suure hulga juuste väljalangemine on teised hüpotüreoidismi sümptomid.
Üle 50 erineva tõu ja ristandi on vastuvõtlikud hüpotüreoidismile ning see on üks enim uuritud koerte agressiivsuse põhjuseid. Käitumismuutused, eriti agressiivsus, on sageli selle seisundi esimesed märgid. Isegi koer, kes oli kunagi võõraste suhtes sõbralik, võib muutuda agressiivseks, kui tal on äärmiselt madal kilpnäärme tase. Loomaarst võib hüpotüreoidismi diagnoosimiseks teha vereanalüüsi.
Koerte agressiooni meditsiinilised põhjused võivad mõnikord olla peenemad kui urisemine ja plõksumine. Koer võib ootamatult hakata inimeste jalgadel seisma või ukseavasid blokeerima, et avaldada domineerimist. Kognitiivse düsfunktsiooni sündroomi (CDS), mida mõnikord nimetatakse ka “koerte Alzheimeri tõveks”, peetakse veel üheks agressiooni põhjuseks. CDS võib aju degeneratsioonist põhjustatud ajurakkude kadumise tõttu põhjustada käitumismuutusi.