Kilpkonna elupaik on tavaliselt kuiv maapiirkond, näiteks rohumaa, savann või kõrb, kuna erinevalt kilpkonnadest, nende lähedastest sugulastest on nad suures osas maismaal elavad loomad, kelle esijalad on vööga ja kes eelistavad veekodusid. Kilpkonnad on levinud üle kogu maakera, mõned mereliigid eksisteerivad täielikult ookeani piires, nii et kilpkonna elupaik võib olenevalt konkreetsest loomaliigist väga erineda. Kui looma lemmikloomana pidamiseks luuakse Euroopa või Aafrika savannikilpkonna elupaik, peaks keskkond sisaldama kiudainerikkaid taimi, millel nad looduslikult elavad, nagu ristik, võililled ning looduslikud heintaimed ja terad.
Üks kilpkonnade keskkonna põhielemente on ümbritseva õhu temperatuur, sest nad on külmaverelised olendid. Kuna kilpkonnad ei saa oma sisemist kehatemperatuuri reguleerida, ei pea kilpkonna elupaik olema külm ega liiga kuum, eriti kui nende joogiveevarud on piiratud. Optimaalselt vajavad nad temperatuurivahemikku 71–86 ° Fahrenheiti (22–30 °C). Kilpkonnaliigid võivad olla altid ka hingamisteede haigustele, seega peab iga kilpkonna elupaiga niiskustase olema liigile loomulik. See eeldab, et kilpkonnade elupaigad oleksid õhuvoolule avatud, erinevalt madude või sisalike korpustest, mida saab sulgeda.
Tavalise kilpkonna elupaiga peamised elemendid on pidev veevarustus, hea õhuvool ja juurdepääs tulede või päikese soojusele, mis on keskendunud elupaiga ühele piirkonnale ja nende kohal asuvast punktist. Kuumutamine maapinnast võib kahjustada nende alumist kesta ja kunstlik valgustus peab tagama ultraviolett-B-kiirguse (UVB), et nende toidus sisalduv kaltsium saaks laguneda, et luua nende kestad. Rohumaadelt või kuivadelt aladelt pärit liigid vajavad madalat õhuniiskust ja troopilise kliimaga liigid kõrget niiskustaset. Niiskust saab troopiliste liikide puhul tõsta, lisades aedikusse niisket turbasammalt või koort, mis päeva jooksul niiskust järk-järgult õhku aurustab.
Kilpkonna elupaiga muude tunnuste määramine sõltub liigist. Kui kilpkonnad elavad putukatest ja taimedest, siis kilpkonnad on taimtoidulised, kes elatuvad täielikult taimedest. Kilpkonnad on ka loomulikud ujujad, kuid enamik kilpkonnaliike ei ole ja võivad kergesti uppuda. Seetõttu ei tohiks kilpkonna elupaigas üldiselt olla sügav vesi, välja arvatud juhul, kui kilpkonn on troopiline liik. Teine erinevus kahe sugulaslooma vahel on see, et kilpkonnad kipuvad rändama, kus kilpkonn viibib hea meelega ühes põhjalikult uuritud piirkonnas, kui see on piisavalt suur.
Looduses eksisteerib palju kilpkonna liike, alates kõrbe-vene- ja leopardkilpkonnadest ning lõpetades Aafrika spurred-kilpkonna ja punakõrv-kilpkonnaga. Kõrbeliikide elupaik on kuiv, hõlmates sageli liivarandu või tasandikke, kanjoneid ja kiviseid jalamaid. Aafrika kilpkonnad taluvad paremini kuumust ja põuda, samas kui vene kilpkonn talub urgu ja talveunes paremini pakaselist külma. Red-Eared Sliderit leidub USA parasvöötme kliimas, kus neid leidub taimestikuga paksude järvede ja jõgede kaugemates piirkondades. Kõrbekilpkonna leidub ka Põhja-Ameerika kuumades piirkondades, näiteks Mojave ja Sonorani kõrbes USA-s Utah’s, Nevadas ja Californias, aga ka Mehhikos, kus ta elab kuni 95% oma elust maa all.
Muud tüüpi kilpkonnade elupaigad peegeldavad keskkonda, mille poolest rahvas on tuntud, näiteks Egiptuse kilpkonn, kes on kõrbeliik, kuid elab ka Niiluse jõe kaldal asuvatel soistel aladel. Aasia kilpkonnad, nagu Sri Lanka ja Birma sordid, on sugulased Aafrika leopardkilpkonnaga ning naudivad niisket kliimat ja aeg-ajalt udutamist, et hoida neid hüdreeritud. Seevastu merikilpkonna või kilpkonna elupaik võib olla kõike alates parasvöötmest kuni troopilise merepiirkonnani, kuigi nad eelistavad sageli madalaid rannikuvetes ning tulevad kaldale paarituma ja munema sellistes piirkondades nagu Costa Rica ja Austraalia. Mereliigid kilpkonnad ja kilpkonnad on ühed vanimad ellujäänud liigid Maal, mille põlvnemist saab jälgida üle 110,000,000 XNUMX XNUMX aasta.