Märgalade ökoloogia hõlmab mis tahes maa-ala uurimist, mis on osaliselt või täielikult vee all kas alaliselt või igal aastal pikema aja jooksul. Märgalasid on mitut tüüpi, alates soodest kuni rannikuäärsete loodete märgaladeni. Iga keskkond sisaldab ainulaadset segu taimedest ja loomadest.
Soode uurimine on märgalade ökoloogia suur haru. Sood on suuresti määratletud vee all olevate, kuid veel elavate puude olemasoluga. Need alad asuvad üldiselt jõgede lähedal lammidel ja võivad muutuda üsna suureks. Näiteks Lõuna-Sudaani soode süsteem Al-Sudd hõlmab üle 30,000 18,641 ruutkilomeetri (2,400 3,862 ruutmiili). Ameerika Ühendriikides asub Florida Evergladesi kõrval asuv Big Cypress Swamp XNUMX ruutmiili (XNUMX ruutkilomeetrit) märgalade ökoloogiat.
Soodes on suur elurikkus. Suured roomajad, nagu alligaatorid ja krokodillid, tunduvad nendes piirkondades eriti kodused. Putukate elu on külluslik ja annab toitu paljudele kala- ja linnuliikidele. Nendes ökosüsteemides seisvates basseinides leidub mitmesuguseid veetaimi ja seeni.
Sood piirnevad sageli soodega, kuid võivad tekkida ka iseseisvalt. Need alad võivad koosneda mageveest või magevee ja soolase vee kombinatsioonist. Üldiselt on soode veed rohkem seisvad kui sood ja puid on vähe või üldse mitte.
Ookeaniga piirnevad sooalad sisaldavad sageli magevee ja soolase vee segu. Riimsood ja sooalad on kõrgeima soolasisaldusega ja sageli kõige väiksema metsloomade mitmekesisusega. Nendes ökosüsteemides arenevad hästi soolakindlad heintaimed, nagu austrirohi ja traathein. Loodete poolt uhutud krabid, austrid ja kalad meelitavad ligi lugematuid linde.
Mageveesood ja vahepealsed sooalad on soolase vee sisaldusega nõrgad või mitte. Tänu sellele on taime- ja loomaelu rikkalik ja mitmekesine. Imetajaid, eriti närilisi, on neis piirkondades palju. Veelinnud, nagu pardid ja haned, on kõikjal, nagu ka väikesed roomajad, nagu konnad ja kilpkonnad. Märgalade ökoloogia soodes hõlmab ka paljusid samu kala- ja linnuliike, mida leidub kohalikes veeteedes.
Märgalade ökoloogia hõlmab vähemal määral ka raba elupaikade uurimist. Sarnaselt soodele on need märgalad sageli metsased. Rabavesi on aga äärmiselt happeline ja tavaliselt üsna seisev. See kombinatsioon tekitab sageli turvast, kui esineb palju surnud sammalt või samblikke.
Loomade elu rabades piirab vee happesus. Esinevad liigid on aga sageli rabakeskkonna tingimustega väga kohanenud. Seetõttu leidub neid taimi ja loomi teistes piirkondades harva.