Iirise lilled on mitmeaastased lilled, mis tähendab, et nad tulevad igal aastal tagasi ja kasvavad olenevalt sordist kas sibulatest või risoomidest. Kuigi hõivatud aednikud võivad hinnata asjaolu, et lilled tõusevad igal hooajal samasse kohta, tähendab see ka seda, et levida võivad ka erinevad iirisehaigused ja kahjurid. Mõned iirisehaigused on põhjustatud erinevat tüüpi seeninfektsioonidest, näiteks fusarium-närbumisest. Muud haigused on putukate tegevuse tagajärg, mis põhjustab võimalikke bakteriaalseid infektsioone.
Iirise sibulate istutamisel on kõige parem vältida kohti, kus need lilled on viimastel aastatel olnud, välja arvatud juhul, kui eesmärk on laiendada olemasolevat tervet lillepeenart. Mitmesugused iirisehaigused võivad mullas elada aastaid ja uued taimed võivad nendega kokku puutudes kergesti nakatuda. Vale ala valimine toob tõenäoliselt kaasa taimed, mis närbuvad ja surevad varsti pärast tärkamist, kuigi mõned võivad elada piisavalt kaua, et õitseda enne, kui nad alla surevad.
Fusarium wilt on näide seeninfektsioonist, mis võib mulda sattudes lilli katkuda mitu aastat. See probleem nakatab tavaliselt kõigepealt taime juuri, põhjustades surnud pruunid laigud, mis näivad olevat vajunud ja puudutades pehmed. Esimene nähtav sümptom võib olla jässakad ja kollased lehed; varsti pärast nende lehtede välja ajamist taim sureb.
Veel üks seenest põhjustatud iirisehaigus on sinepiseemne seen, tuntud ka kui kroonmädanik ja lõunapõletik. Taimedel tekib pruun lima, mis katab õite ja lehtede põhja ning võib levida mööda taime, tappes nii terved kui ka ebatervislikud taimeosad. See ründab sageli Vaikse ookeani rannikul levinud iirise lilli ja mitmevärvilisi habemega iiriseid. Sinepiseemne seeni saab tõhusalt ennetada, kuid kui see kord hakkab levima, tuleb nii taimed kui ka muld alalt eemaldada, et vältida edasist levikut.
Teatud tüüpi iirisehaigused on põhjustatud putukate tegevusest. Bakteriaalne pehme mädanik on üks selline probleem ja tekib siis, kui bakterid sisenevad taime haavadesse, mis on põhjustatud iirise puuri tegevusest. Risoom nakatub koos lehtedega ja taim eritab ebameeldivat lõhna, sageli ilma ilmse põhjuseta. Lähemal uurimisel avastatakse tavaliselt iirisepuura jäetud väikesed augud ning ainus lahendus võib olla kogu taime, eriti risoomi, üles kaevamine ja äraviskamine.
Bakteriaalne lehelaiksus on üks iirisehaigustest, mis ei pruugi olla taimele surmav, kuid võib siiski põhjustada märkimisväärset kahju. Lehtedele ilmuvad suured märja välimusega laigud, esmalt servadesse ja seejärel levivad keskkoha poole ja muutuvad pruuniks, muutudes lõpuks lehe suremisel valgeks. Ranged sanitaartingimused võivad aidata selle nakkuse levikut kontrollida, nagu ka nakatunud lehtede eemaldamine. Lehed tuleb alalt täielikult eemaldada ja need ei tohiks kunagi sattuda kompostihunnikule ega aia servade lähedale.