Pügmee jõehobu klassifitseeritakse taksonoomiliselt või teaduslikult kui Choreopsis liberiensis või Hexaprotodon liberiensis, kuna teadusringkondade vahel on vaidlusi selle üle, milline teaduslik klassifikatsioon on nende olendite jaoks õige termin, kuigi kumbki neist on vastuvõetav. Seoses palju suurema hariliku ehk Niiluse jõehobuga, on pügmee jõehobu, kuigi palju salajasem ja peamiselt metsas elanud, jagab palju oma suurema sugulase agressiivseid kalduvusi. Pügmee jõehobu kohta tema looduslikus elupaigas pole tema häbeliku ja öise olemuse tõttu palju teada. Rahvusvaheline Looduskaitseliit (IUCN) klassifitseeris selle ohustatuks alles 2006. aastal. Kogu maailmas on aktiivne vangistuses aretusprogramm, mille eesmärk on vältida selle üksildase, salajase imetaja väljasuremist.
Vaikne, salajane, metsas elav imetaja, pügmee jõehobu ei ole nii väike, kui nimi viitab. See on aga tunduvalt väiksem kui tavaline jõehobu, kellega ta on seotud, olles 2.5 jalga (75 sentimeetrit) pikk ja kaalub umbes 600 naela (275 kilogrammi). Vaatamata väikesele kasvule võib ta alaealiste ja territooriumi kaitsmisel või ohustatuna olla äärmiselt agressiivne, sarnaselt suurema sugulasega. Suured kihvataolised hambad ja võimsad lõuad võivad tekitada mitmesuguseid tõsiseid vigastusi, sealhulgas torke-, torke- ja muljumisvigastusi. Seda tüüpi inimestega seotud juhtumid on looduses väga haruldased, kuna pügmee jõehobu väldib nii palju kui võimalik inimestega kokkupuudet.
Tavaliselt kogunevad ainult sigimiseks, pügmee jõehobu kipub olema üksildane olend. Emased on võimelised kandma ühe vasika igal teisel aastal, kusjuures imik jääb ema juurde umbes kaheks aastaks. Isased ei osale vasika kasvatamisel, jättes kogu vanemliku vastutuse emasele. Kuigi need lihaselised loomad on osavad ujujad, veedavad nad suurema osa ajast metsaaluse tihedas taimestikus. Smithsoniani riikliku zooloogiapargi andmetel võib pügmee jõehobu vangistuses elada kuni 50 aastat. Suurem osa seda looma ümbritsevast teabest pärineb vangistuses peetavatelt isenditelt, sest nende salajane olemus ja potentsiaalselt agressiivne käitumine muudavad väliuuringud looduslikus elupaigas praktiliselt võimatuks.
Pügmee jõehobu populatsioon väheneb aja möödudes, ajendades uurima looduses veel elavat kogust. 1993. aastal läbi viidud uuring hindas neljas Lääne-Aafrika riigis ainult 2000–3000 isendit, kes elasid ellu vaid üksikutes taskutes. Vaatamata sellele häirivale uuringule kanti nad IUCNi punasesse nimekirja kui ohustatud alles 2006. aastal. IUCN väidab, et metsik populatsioon väheneb jätkuvalt murettekitava kiirusega tsiviilkonfliktide, elupaikade kadumise ja salaküttimise ning ebatõhusa õiguskaitse tõttu. ja põllumehed tulistavad olendeid, et vähendada saagi kahjustamist.
Paljud loomaaiad, loomade varjupaigad ja metsloomapargid üle maailma osalevad jõehobude aretusprogrammis. Selle programmi eesmärk on vältida pügmee jõehobu väljasuremist ja selle pikaajalised eesmärgid on vangistuses kasvatatud isendite taasasustamine sobivasse elupaika, peamiselt piirkondades, kus nad on lokaalselt välja surnud. Selle programmi jätkamisega ja vangistuses kasvatatud rühmade looduslikuks muutmisega aja jooksul loodetakse, et metsik populatsioon kasvab jätkusuutlikule tasemele ja ohustatud liigi staatust saab alandada.